In mqc.h, changed MQC_NUMCTXS from 32 to 19 as JPEG 2000 only allows 19 possible contexts

First import of JAVAOpenJPEG, a Java wrapper of OpenJPEG, developed by Patrick Piscaglia of Telemis (telemis.com). Thank you Patrick for this new module !

Added index.h and index.c in VC6 projects; wrapped index.h in the C++ preprocessor; modified OPJViewer project and some files.

Fixed the maximum number of resolutions a user can discard while decoding.
Added an error state in J2K_STATE (j2k.c)

Created the file index.c in the codec directory. This file handles the creation of index files, at encoding and decoding.
Fixed bugs during the creation of the index (PCRL progression order)

Avoided ABI breakage

Patch by Callum Lerwick. The opj_tcd_cblk array is one of the largest allocations, because it  contains a bunch of static buffers. This also makes it a major source of cache thrashing. This patch allocates the buffers from the heap, and dynamically sizes them in the decoder. I have not yet managed to dynamically size  them in the encoder, getting the decoder to do it was tricky enough... I also split opj_tcd_cblk_t into separate encode and decode versions. A lot of fields were not used by both, so this cuts its size even further.

Patch by Callum Lerwick. This patch rearranges the largest memory allocations so they're allocated as late as possible, and freed as soon as possible. This cuts memory usage by about half on two large test images.

Patch by Callum Lerwick. Instead of reinventing realloc, j2k_read_sod now just uses opj_realloc in j2k.c

Patch by Dzonatas and Callum Lerwick.        Fp/vectorization patch which basically converts most of the irreversible decode codepath to floating point, eliminating a few rounds of int/fp conversion, resulting in a vast performance improvement, and an increase in accuracy.

BUG: Fix name of project

ENH: remove hardcoded value. It is a user-configurable option, which default to the same...

ENH: do not set ffast-math for all configurations, please

Patches from Callum Lewick: Fixed some spelling errors in dwt.c.

In t1.c, small change to avoid calling twice t1_getwmsedec()
Patch from Callum Lewick. Basic gcc optimization flags in cmake and makefile match.

Restoring wrap_j2k_in_mj2.c, which I did not want to commit at all in rev469

Fixed a bug which prevented JPWL from working on multi-tiled images; added some more fields in the interface info structures (keep a list of markers, save start packet number for each tile)

Improved success for the linux build; OPJViewer shows all the COM contents

Patch from Callum Lewick. Memset patch. See ChangeLog for more details. Thanks Callum !

Changed the ROI parameter in the image_to_j2k codec to make it correspond to the documentation (i.e. -ROI c=0,U=25)

Changed the way the image structure is allocated when the decoding parameters include some resolutions to discard. This should have a significant impact for the decoding of huge images when some resolutions are discarder (-r parameter)
Warning: The output image size is now reduced when discarding resolutions !

*Patch from Callum Lewick. Clean up of j2klib.h for the aligned malloc stuff.
*convert.c: Changed some error comments for TIFF images

Patch from Callum Lewick. Fixed dwt.c where an alignment in buffer was problematic under x86_64.

BUG: Fix previous patch from Callum Lerwick. I have no clue what CMAKE_INSTALL_LIBDIR refers too. Bump up cmake 2.2 restriction to cmake 2.4 because of previous patch not backward compatible. Properly set the SOVERSION in a cross plateform way (yes WIN32 is a plateform)

Fixed issues with generation of SOP marker.

Fixed issues with Reading and Writing TIF images in convert.c to avoid segmentation fault.
Fixed issues relating to using user specified rates for CINEMA option for multiple images.

OpenJPEG library interface modified to retain compatibility with version 1.2. Sorry if some of you already adapted their code to the previous interface, but we want to avoid a ABI break....

Fixed issues with cstr_info when codestream has components with different number of resolutions.

Patch from Callum Lerwick. Fixed the library linking so it links with the soversion properly set. Fixes up the install targets so that it interacts properly with RPM. Install target for MJ2. Sets some necessary and useful CFLAGS if gcc is in use.

Updated the MJ2 codec to be compatible with the recent changes in the OpenJPEG library.

JPWL encoding is finalized correctly into the JP2 file format; added an additional structure in opj_codestream_info, to keep a record of the written markers

Adapted the JPWL and OPJViewer code to new interface; fixed a samll bug in JPWL which created large EPBs even when null protection was specified

Indexes can now be generated when decoding J2K codestreams.

ENH: license.txt was dos on my linux box. Make it native instead.

BUG: cannot run tests if EXAMPLES are not built

ENH: make it a little more user friendly

ENH: Add cmake code to do testing if user has properly setup a testimages directory

ENH: Upon failure, properly return error code (!=0)

ENH: Fix unitialized read in img_fol (we may need a smarter initialize than memset)

ENH: Add very simple tests (simply run command line with no option)

One more field in the codestream_info struct for recording the number of packets per tile part; JPWL now distributes the EPBs in all the tile part headers

ENH: Add CMake/doxygen output

ENH: add Java j2kviewer but do not compile it using cmake since cmake has too poor support for Java. Should create a custom command running ant instead.

ENH: add Java j2kviewer but do not compile it using cmake since cmake has too poor support for Java. Should create a custom command running ant instead.

ENH: CMake: start compiling index_create. OpenJPEG.rc update copyright year

ENH:  CMake: output all executable/libs into one single directory

ENH:  CMake: output all executable/libs into one single directory

ENH: update changelog

ENH: add cmake for jp3d

Move include file that collides with system include to the correct directory (no need to be present for the lib, only codec need it)

ENH: Add jpwl. Also remove old deprecated way of linking lib math on unix

ENH: Start building mj2

Added some fields in the codestream_info structure: they are used to record the position of single tile parts. Changed also the write_index function in the codec, to reflect the presence of this new information.

Added the knowledge of JPSEC SEC and INSEC markers (you have to compile the JPWL project). Management of these markers is limited to skipping them without crashing: no real security function at this stage. Deprecated USE_JPSEC and USE_JPWL will be removed next

Fixed save capabilities in OPJViewer due to recent code upgrade

Added information regarding the end of packet position in the index

Changed the OpenJPEG library interface to enable users to access information regarding the codestream (also called index).

Fixed wrong destructors called in openjpeg.c
Fixed bug in j2k_decode_jpt_stream

The end of main header is calculated after TLM and POC marker for Dcinema.

Fixed problem with _mm_malloc under OSX. Thanks to Callum Lerwick for solving that issue.

Use <xmmintrin.h> for WIN32, else use <mm_malloc.h>

Moved the orient flipping into the ctxno_zc table.
Thanks to Callum Lerwick who provided all these great patches !

Replaced the large ctxno_mag lookup table with a small bit of inline-able branchless code

Consolidated some calls to mqc_setcurctx. Cleaned up t1_generate_luts to output the proper types.

Reworks of t1_updateflags to get rid of the shift operation. mqc_setcurctx moved to the header to allow it to be inlined into the t1.

Memory leaks fixed

Aligned malloc using Intel's _mm_malloc(), cleanup on the t1 memory allocation, getting rid of some leftover debug code

Minor cleanup patch, that gets rid of a bunch of "old style declaration" warnings from Intel's compiler

Solved problems with codec reading from image file directory when filename had more than one "." in name

Robustified MJ2 codecs

Added support for Visual Studio 2005

Corrected allocation to take into account the EOC marker

Fixed _strnicmp bug

Added support for the TGA file format in the codec

Fixed the DCinema filesize allocation. It now includes the SOT marker size

Added a basic saving capability to OPJViewer

Lighter version of libtiff uploaded (without JPEG support).

Delete Tiffconf.h

Updated libtiff library version to 3.8.2 (for WIN32)
Updated BMP and PxM truncation when decoding J2K files with more than 8 bits (convert.c)

Fixed raw option to encode raw images with more than three components.

Added support for RAW images. This module has been developped by the University of Perugia team. Thanks to them !

Fixed a bug in JPWL module, which prevented to exploit the full error correction capability of RS codes (e.g. it gave up at 5 errors, even if 6 were correctable); defined a JPWL_MAXIMUM_EPB_ROOM for better customization of the maximum dimension of EPBs (the dimension is pre-calculated on an hypothesis, if it goes beyond 65535 there will be problems, thus we give a little less than the max, let's say 65450)

fixed the size of the memory allocation in cio.c (confusion between bits and bytes)

Previous, home, and next frame buttons for exploring MJ2 files in OPJViewer

Output image color space set when decoding a JP2 file

Reload image doesn't crash in OPJViewer; more settings saved to registry

added toolbar to OPJViewer

Possibility to disable parsing in OPJViewer; also, saves common settings to the registry; automatic build numbering

Fixed the generation of index files. Now works with cinema formats.

changed the dylib-version to 1.2.0

Tipo corrected...

Release of version 1.2.0

Bugs corrected in decoding of command line (getopt.c), in the handling of 16 bit files (t1.c and tcd.c) and the calculation of elapsed time for multiple tiles parts (tcd.c and tdc.h).

OPJViewer opens now BMP, PNG, GIF, PNM, TIFF (with wxWidgets internals); added an encoder settings tab, for future integration with "save file as..." in JPEG 2000 format

Fixed the handling of 16bit TIFF files for cinema compression. Modified "convert.c".
Fixed the parameters used for cinema compression (9-7 transform used instead of 5-3). Modified "image_to_j2k.c"

Bug fixed by Sylvain Munaut. Change in the reading of the POC marker. Since COD/COC can be anywhere in the header, the decoder cannot always know while decoding the POC marker the value of numlayers and numresolution.

Patch suggested by Callum Lerwick <seg@haxxed.com>: "This makes the t1 data arrays dynamic, which greatly reduces cache thrashing. Also, some minor cleanup to prevent unnecessary casts"

Patch suggested by Callum Lerwick <seg@haxxed.com>: "Some formatting cleanups, so that the long function definitions and calls fit on screen. Use of prefix increment which is theoretically faster, in
practice any sane compiler can optimize a postfix increment but its best not to count on such things. Consolidation of some redundant calculations in the inner loops, which becomes very useful in the future autovectorize patch."

Patch suggested by Callum Lerwick <seg@haxxed.com>: "This changes the flag code in t1 to use a flag_t type, which can then be changed to reduce RAM usage. It is now typedef to a short."