Updated makefiles for v1.4 and v2.0

* [FOD] Fixed libopenjpeg Makefile

[FOD] Created a new constant in openjpeg.h to differentiate the case when the colorspace is not supported by the library and when it is not specified in the codestream. Suggested by Matteo Italia.

V2 branch : modified the xcode project name for V2

V2 branch : removed t1_generate_luts.c from xcode project file

V2 branch :
- found a bug in tcd.c that was preventing to find the correct threshold in tcd_rateallocate.c for high-precision images. Applied a temporary patch but a better solution should be found.
- Modified the way raw images with more that 8bpp are read and written

fixed minor bugs which were triggering warnings at compilation (different signedness, wrong pointer type, etc)

ENH: attempt to recommit license with proper eol (match svn info)

ENH: remove INLINE from forward decl. Fix CMakeLists.txt for UNIX platforms

removed t1_generate_luts.c, useless in version 2 ; updated XCode project file for mac users.

Deleting obsolete files and directories, adding v2-specific files and directories, updating existing files to v2. See README.v2 for more info

Creating a branch of openjpeg trunk to host v2

Deleting v2 directory... Will be re-created as a branch

Added the default lossless parameter to opj_set_default_encoder_parameters in openjpeg.c

Initial commit of openjpeg version 2. Temprarily added as a separate directory in the trunk (will maybe be moved to a branch of version 1.3, this has to be investigated).

fixed a bug in dirent.h that prevented codec on Linux Alpha Systems to compile correctly. Thanks to RobinC.

fixed a bug in j2k.c (j2k_write_sod) that allowed to get negative rates, thanks zhong1985624 for pointing this.

additional test to avoid crash due to invalid image size, patch by Christopher Layne

memory leak fixed in openjpeg.c (opj_destroy_cstr_info()), patch by Carsten Juttner

updated XCode project file

Added help line for the -F option in j2k_to_image

Changed Java files copyright in JavaOpenJPEG module

Corrected the wrong syntax of calloc()...

Fixed openjpeg.c for proper initialization of codec context structures (dinfo in opj_create_compress() and opj_create_decompress(). Bug fix suggested by Andrey V. Kiselev
Clean up of opj_aligned_malloc(), to just forgo the use of posix_memalign(), as apparently memalign() is what is working better for everyone. Patch by Callum.

Removed the J2KViewer module, which has been replaced by OPJViewer and fixed the error handling of j2k_decode in jp2.c, thanks to Robin Cornelius

Minor style modifications to comply with c99 compiler flag; removed Microsoft-specific "union-in-struct" syntax; Re-enabled cstr_info struct creation when -W switch is specified. Changed a number of things in opjviewer (e.g., decoding thread does not execute GUI calls anymore), to have it running under linux --> it is better than before, but still crashes

In convert.c, corrected imagetobmp() conversion for grayscale. In tcd.c, corrected Rate modification in tcd_init_encode().

In opjviewer, unification of JPEG 2000 family handlers (*.jp2, *.mj2, *.j2k) in a single file

In image.c, changed the opj_image_create0() memory allocation from malloc() to calloc() in order to avoid segfaults when freeing the memory allocated for the coding of bad images. Thanks to Christopher Layne for this improvement.

update of openjpeg XCode project file (2)

update of openjpeg XCode project file

SVN server problem. Added again MJ2 project files to try to solve issue.

SVN server problem. Removed MJ2 project files to try to solve issue.

Initial commit of Xcode project directory (XCode 2.5 for macosx). Available targets : libopenjpeg (stat and dyn), image_to_j2k, j2k_to_image

fixed opj_malloc.h for macosx (bugfix provided by janpeder, thanks)

remove obsolete directory "CVSROOT"

update makefile.osx and readme.osx to comply with version 1.3

Added missing files to JavaOpenJPEG project (files from Patrick Piscaglia)

Patch by Callum Lerwick. Fixed error during encoding using tile option in tcd.c

VERSION 1.3.0 RELEASE

Bug fixed by David Bruken. Fixed memory allocation issue in opj_malloc.h.
Possible errors in pi_create_encode handled

changed variables names alpha, beta, gamma, delta in dwt.c to avoid re-declarations on Macosx

Fixed allocation problem in pi.c

In pi.c, removed the Recursive function pi_check_next_level() and modified the code.

In mqc.h, changed MQC_NUMCTXS from 32 to 19 as JPEG 2000 only allows 19 possible contexts

First import of JAVAOpenJPEG, a Java wrapper of OpenJPEG, developed by Patrick Piscaglia of Telemis (telemis.com). Thank you Patrick for this new module !

Added index.h and index.c in VC6 projects; wrapped index.h in the C++ preprocessor; modified OPJViewer project and some files.

Fixed the maximum number of resolutions a user can discard while decoding.
Added an error state in J2K_STATE (j2k.c)

Created the file index.c in the codec directory. This file handles the creation of index files, at encoding and decoding.
Fixed bugs during the creation of the index (PCRL progression order)

Avoided ABI breakage

Patch by Callum Lerwick. The opj_tcd_cblk array is one of the largest allocations, because it  contains a bunch of static buffers. This also makes it a major source of cache thrashing. This patch allocates the buffers from the heap, and dynamically sizes them in the decoder. I have not yet managed to dynamically size  them in the encoder, getting the decoder to do it was tricky enough... I also split opj_tcd_cblk_t into separate encode and decode versions. A lot of fields were not used by both, so this cuts its size even further.

Patch by Callum Lerwick. This patch rearranges the largest memory allocations so they're allocated as late as possible, and freed as soon as possible. This cuts memory usage by about half on two large test images.

Patch by Callum Lerwick. Instead of reinventing realloc, j2k_read_sod now just uses opj_realloc in j2k.c

Patch by Dzonatas and Callum Lerwick.        Fp/vectorization patch which basically converts most of the irreversible decode codepath to floating point, eliminating a few rounds of int/fp conversion, resulting in a vast performance improvement, and an increase in accuracy.

BUG: Fix name of project

ENH: remove hardcoded value. It is a user-configurable option, which default to the same...

ENH: do not set ffast-math for all configurations, please

Patches from Callum Lewick: Fixed some spelling errors in dwt.c.

In t1.c, small change to avoid calling twice t1_getwmsedec()
Patch from Callum Lewick. Basic gcc optimization flags in cmake and makefile match.

Restoring wrap_j2k_in_mj2.c, which I did not want to commit at all in rev469

Fixed a bug which prevented JPWL from working on multi-tiled images; added some more fields in the interface info structures (keep a list of markers, save start packet number for each tile)

Improved success for the linux build; OPJViewer shows all the COM contents

Patch from Callum Lewick. Memset patch. See ChangeLog for more details. Thanks Callum !

Changed the ROI parameter in the image_to_j2k codec to make it correspond to the documentation (i.e. -ROI c=0,U=25)

Changed the way the image structure is allocated when the decoding parameters include some resolutions to discard. This should have a significant impact for the decoding of huge images when some resolutions are discarder (-r parameter)
Warning: The output image size is now reduced when discarding resolutions !

*Patch from Callum Lewick. Clean up of j2klib.h for the aligned malloc stuff.
*convert.c: Changed some error comments for TIFF images

Patch from Callum Lewick. Fixed dwt.c where an alignment in buffer was problematic under x86_64.

BUG: Fix previous patch from Callum Lerwick. I have no clue what CMAKE_INSTALL_LIBDIR refers too. Bump up cmake 2.2 restriction to cmake 2.4 because of previous patch not backward compatible. Properly set the SOVERSION in a cross plateform way (yes WIN32 is a plateform)

Fixed issues with generation of SOP marker.

Fixed issues with Reading and Writing TIF images in convert.c to avoid segmentation fault.
Fixed issues relating to using user specified rates for CINEMA option for multiple images.

OpenJPEG library interface modified to retain compatibility with version 1.2. Sorry if some of you already adapted their code to the previous interface, but we want to avoid a ABI break....

Fixed issues with cstr_info when codestream has components with different number of resolutions.

Patch from Callum Lerwick. Fixed the library linking so it links with the soversion properly set. Fixes up the install targets so that it interacts properly with RPM. Install target for MJ2. Sets some necessary and useful CFLAGS if gcc is in use.

Updated the MJ2 codec to be compatible with the recent changes in the OpenJPEG library.

JPWL encoding is finalized correctly into the JP2 file format; added an additional structure in opj_codestream_info, to keep a record of the written markers

Adapted the JPWL and OPJViewer code to new interface; fixed a samll bug in JPWL which created large EPBs even when null protection was specified

Indexes can now be generated when decoding J2K codestreams.

ENH: license.txt was dos on my linux box. Make it native instead.

BUG: cannot run tests if EXAMPLES are not built

ENH: make it a little more user friendly

ENH: Add cmake code to do testing if user has properly setup a testimages directory

ENH: Upon failure, properly return error code (!=0)

ENH: Fix unitialized read in img_fol (we may need a smarter initialize than memset)

ENH: Add very simple tests (simply run command line with no option)

One more field in the codestream_info struct for recording the number of packets per tile part; JPWL now distributes the EPBs in all the tile part headers

ENH: Add CMake/doxygen output

ENH: add Java j2kviewer but do not compile it using cmake since cmake has too poor support for Java. Should create a custom command running ant instead.

ENH: add Java j2kviewer but do not compile it using cmake since cmake has too poor support for Java. Should create a custom command running ant instead.

ENH: CMake: start compiling index_create. OpenJPEG.rc update copyright year

ENH:  CMake: output all executable/libs into one single directory

ENH:  CMake: output all executable/libs into one single directory

ENH: update changelog

ENH: add cmake for jp3d

Move include file that collides with system include to the correct directory (no need to be present for the lib, only codec need it)

ENH: Add jpwl. Also remove old deprecated way of linking lib math on unix

ENH: Start building mj2

Added some fields in the codestream_info structure: they are used to record the position of single tile parts. Changed also the write_index function in the codec, to reflect the presence of this new information.

Added the knowledge of JPSEC SEC and INSEC markers (you have to compile the JPWL project). Management of these markers is limited to skipping them without crashing: no real security function at this stage. Deprecated USE_JPSEC and USE_JPWL will be removed next

Fixed save capabilities in OPJViewer due to recent code upgrade