[trunk] FolderReorgProposal task: cleanup doxygen

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: fix jpip doxygen

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: Fix doxygen

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: update install instruction

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: move source code to source dir

[trunk] FolderReorgProposal task: only keep a single build system

[trunk] update the name of the executable used for the tests

[trunk] FolderReorgProposal task: rename JP3D CLI tools

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: rename MJ2/JPIP CLI tools

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: fix JPWL

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: rename cli tools

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: Fix Viewer

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: refactor MJ2

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: add JP3D

Update issue 177

[trunk] Continue FolderReorgProposal task. Missing java wrapping

Update issue 177

[trunk] Start FolderReorgProposal task

Update issue 177

update j2k_lib with new opj type

correct a warning in image.c

clean function_list functions

[trunk] Rename bio_create and bio_destroy with opj_ prefix

[trunk] udpate local functions of bio.c with opj_prefix and new opj types
update opj_bio structure

[trunk] update t1_luts.h with opj type

[trunk] update some local function of t1 with opj_prefix and new opj type

 rename opj_t1_enc_clnpass and opj_t1_enc_clnpass_step with opj_ prefix and update types used in theses functions

[trunk]rename t1_enc_refpass_step and t1_enc_repass with opj_ prefix and update types used in theses functions

{trunk] remove old v1 style function t1_encode_cblk
rename t1_encode_cblk_v2 to opj_t1_encode_cblk

[trunk] remove old v1 function t1_encode_blocks

[trunk] remove old v1 style t1_decode_cblk function and rename t1_decode_cblk_v2 to opj_t1_decode_cblk
rename t1_dec_sigpass t1_dec_sigpass_step, t1_updateflags, t1_dec_refpass, t1_dec_refpass_step with opj_prefix and v2 type
delete unused functions in new V2 t1 framework: t1_dec_refpass_raw, t1_dec_refpass_mqc, t1_dec_refpass_mqc_vsc, t1_dec_refpass_step_raw, t1_dec_refpass_step_mqc, t1_dec_refpass_step_mqc_vsc, t1_dec_sigpass_raw, t1_dec_sigpass_mqc, t1_dec_sigpass_mqc_vsc, t1_dec_sigpass_step_raw, t1_dec_sigpass_step_mqc, t1_dec_sigpass_step_mqc_vsc

[trunk]remove t2_init_seg
rename t2_init_seg_v2 to opj_t2_init_seg
rename t2_encode_packet_v2 to opj_t2_encode_packet

[trunk] remove t2_destroy, t2_decode_packets and t2_decode_packet
rename from t2_destroy_v2 to opj_t2_destroy
rename from t2_decode_packets_v2 to opj_t2_decode_packets
rename from t2_decode_packet_v2 to opj_t2_decode_packet

[trunk] remove old v1 style function t2_create
rename t2_create_v2 to opj_t2_create

[trunk] remove t2_encode_packet and t2_encode_packets
rename from t2_encode_packets_v2 to opj_t2_encode_packets

[trunk] update t2_getnumpasses from V2 branch and put opj_ prefix

[trunk] update t2_putnumpasses with V2 style

[trunk] rename t2_getcommacode to opj_t2_getcommacode

[trunk] modify output type of t2_getcommacode

[trunk] rename local functions in t2 with opj_ prefix

rename from t2_skip_packet to opj_t2_skip_packet;
rename from t2_skip_packet_data to opj_t2_skip_packet_data;

[trunk] Fix possible code execution vuln

Thanks to Huzaifa Sidhpurwala of Red Hat Security Response Team for patch + dataset to reproduce issue.
Technically kdu_expand works fine on the image...

Fixes issue 175

[trunk] Fix one remaining issue with C90 compat

[trunk] Use new gcc feature to actually hide exported symbols

Right now we are only using the Windows/POSIX compatibility layer. This means that we have only been marking explicitely which symbols to export.
What this also means is that for one to explicitely remove non-explicitely marked symbols, one has to set -fvisibility=hidden as CFLAGS

[trunk] no need to export MCT_ELEMENT_SIZE symbol

[trunk] Fix Heap-based buffer-overflow when decoding openjpeg image

Thanks to Huzaifa Sidhpurwala of Red Hat Security Response Team for report
This does not affect release 1.5.0 and/or 1.5 release branch.

Fixes issue 170

[trunk] Fix some C90 issues.

[trunk] Fix all C90 issues using gcc -pedantic -Wno-long-long to track them
As a side effect, fix all comment style to remove extra gcc output

Fixes issue 173

[trunk] Remove CMake-language block-end command arguments
Ancient versions of CMake required else(), endif(), and similar block termination commands to have arguments matching the command starting the block.  This is no longer the preferred style.
Thanks to Hans Johnson

[trunk] Convert CMake-language commands to lower case
Ancient CMake versions required upper-case commands.  Later command names became case-insensitive.  Now the preferred style is lower-case.
This also changes all the key words to lower case. The primary reason for changing key words is that all documentation for CMakeLists.txt now shows the key words as lower case. Even the printed “Mastering CMake v5” uses lower case.
Thanks to Hans Johnson

[trunk] STYLE: Clean up documentation errors
Functions should only have formal documentation in one place, and preferably in the declaration (i.e. repeated documentaiton should not be at both the declaration and the definition, because it causes too much maintenance to keep them syncronized).  In cases where the definition is also the declaration (as is often the case for static functions in the .c files) the documentation was preserved at the first use of the function signature.
Functions that are formally documented should contain documentation for each function argument.
The clang 3.1 compiler issues documentation warnings when the documentation block with @params preceeding a declaration does not match the argument list.  This patch set follows a convention used elsewere in openjpeg to add a placeholder FIXME DOC description where one was previously missing.
Thanks to Hans Johnson.

[trunk] Remove all non-ascii characters (Several compilers and development tools are confused by non-ascii characters in source code.  These have been removed) thanks to Hans Johnson

[trunk] COMP: Fix one warning identified by clang31 :
 openjpeg/applications/codec/j2k_dump.c:362 col 29: warning: equality comparison
with extraneous parentheses
(thanks to Hans Johnson)

[trunk] COMP: Remove compiler warning (warning: comparison of unsigned expression < 0 is always false [-Wtautological-compare]) thnaks to Hans Johnson

[trunk] COMP: _v2 code remove (thanks to Hans Johnson and Winfried)

[trunk] memory leaks on ppm_data, found in tests NR-p1_05.j2k-dump, NR-p1_03.j2k-dump, ETS-C1P1-p1_03.j2k-decode, ETS-C0P1-p1_03.j2k-decode, ETS-C0P1-p1_05.j2k-decode

[trunk] realloc is misused and may leak memory (Issue#168) (complements: compilation errors)

[trunk]  realloc is misused and may leak memory (Issue#168)

[trunk] j2k_to_image gives fff-topic error message for non-openable files (Issue#167)

fix a compilation error

rename t1_enc_sigpass_step and t1_enc_sigpass with opj_ prefix and update type

remove deprecated v1 style function t1_destroy; rename t1_destroy_v2 to opj_t1_destroy
remove deprecated v1 style function t1_decode_cblks; rename t1_decode_cblks_v2 to opj_t1_decode_cblks
remove deprecated v1 style function t1_encode_cblks; rename t1_encode_cblks_v2 to opj_t1_encode_cblks
remove deprecated v1 style function t1_create; rename t1_create_v2 to opj_t1_create

rename local functions and struct with opj_ prefix

rename local dwt functions
remove deprecated v1 style function dwt_decode_tile; rename dwt_decode_tile_v2 to opj_dwt_decode_tile

remove deprecated v1 style function dwt_encode; rename dwt_encode_v2 to opj_dwt_encode
remove deprecated v1 style function dwt_decode; rename dwt_decode_v2 to opj_dwt_decode
remove deprecated v1 style function dwt_getgain; rename dwt_getgain_v2 to opj_dwt_getgain
add opj_dwt_getnorm, opj_dwt_getnorm_real functions
remove deprecated v1 style function dwt_encode_real; rename dwt_encode_real_v2 to opj_dwt_encode_real
remove deprecated v1 style function dwt_getgain_real; rename dwt_getgain_real_v2 to opj_dwt_getgain_real
rename dwt_calc_explicit_stepsizes to opj_dwt_calc_explicit_stepsizes

rename local tcd functions with opj_ prefix

remove deprecated v1 style function tcd_decode_tile; rename tcd_decode_tile_v2 to opj_tcd_decode_tile
remove deprecated v1 style function tcd_free_decode
remove deprecated v1 style function tcd_free_decode_tile

remove deprecated v1 style function tcd_destroy; rename tcd_destroy_v2 to opj_tcd_destroy
rename tcd_init_v2 to opj_tcd_init
remove deprecated v1 style function tcd_malloc_encode
remove deprecated v1 style function tcd_free_encode
remove deprecated v1 style function tcd_init_encode
remove deprecated v1 style function tcd_malloc_decode
remove deprecated v1 style function tcd_malloc_decode_tile
remove deprecated v1 style function tcd_makelayer_fixed; rename tcd_makelayer_fixed_v2 to opj_tcd_makelayer_fixed
remove deprecated v1 style function tcd_rateallocate_fixed; rename tcd_rateallocate_fixed_v2 to opj_tcd_rateallocate_fixed
remove deprecated v1 style function tcd_makelayer; rename tcd_makelayer_v2 to opj_tcd_makelayer
remove deprecated v1 style function tcd_rateallocate; rename tcd_rateallocate_v2 to opj_tcd_rateallocate
remove deprecated v1 style function tcd_encode_tile; rename tcd_encode_tile_v2 to opj_tcd_encode_tile

remove deprecated v1 style function tcd_create; rename tcd_create_v2 to opj_tcd_create

rename tcd functions with opj_ prefix

optimization of dwt_deinterleave_h, dwt_deinterleave_v from v2 branch; update type with OPJ_type

correct warnings in j2k.c

remove deprecated v1 style function j2k_write_eoc; rename j2k_write_eoc_v2 to opj_j2k_write_eoc

remove deprecated v1 style function j2k_read_eoc; rename j2k_read_eoc_v2 to opj_j2k_read_eoc

clean style and remove old v1 style structure in j2k.c

remove deprecated v1 style function j2k_add_mhmarker; rename j2k_add_mhmarker_v2 to opj_j2k_add_mhmarker
remove deprecated v1 style function j2k_add_tlmarker; rename j2k_add_tlmarker_v2 to opj_j2k_add_tlmarker

remove deprecated v1 style function j2k_create_compress; rename opj_j2k_create_compress_v2 to opj_j2k_create_compress

rename j2k functions with opj_ prefix

remove deprecated v1 style function j2k_setup_encoder; rename opj_j2k_setup_encoder_v2 to opj_j2k_setup_encoder

remove deprecated v1 style function j2k_get_num_tp; rename j2k_get_num_tp_v2 to opj_j2k_get_num_tp

remove deprecated v1 style function j2k_calculate_tp; rename j2k_calculate_tp_v2 to opj_j2k_calculate_tp

rename local j2k function with opj_ prefix

remove deprecated v1 style function j2k_write_rgn; rename j2k_write_rgn_v2 to opj_j2k_write_rgn

remove deprecated v1 style function j2k_write_sod; rename j2k_write_sod_v2 to opj_j2k_write_sod

remove deprecated v1 style function j2k_write_sot; rename j2k_write_sot_v2 to opj_j2k_write_sot

remove deprecated v1 style function j2k_write_tlm; rename j2k_write_tlm_v2 to opj_j2k_write_tlm

rename local j2k function with opj_ prefix

rename local j2k function with opj_ prefix

remove deprecated v1 style function j2k_write_poc; rename j2k_write_poc_v2 to opj_j2k_write_poc
rename j2k_write_poc_in_memory to opj_j2k_write_poc_in_memory
rename j2k_get_max_poc_size to opj_j2k_get_max_poc_size

remove deprecated v1 style function j2k_write_qcd; rename j2k_write_qcd_v2 to opj_j2k_write_qcd
remove deprecated v1 style function j2k_write_qcc; rename j2k_write_qcc_v2 to opj_j2k_write_qcc
remove deprecated v1 style function j2k_write_qcx; rename j2k_write_qcc_in_memory to
rename j2k_get_max_qcc_size to opj_j2k_get_max_qcc_size

rename j2k_get_max_coc_size to opj_j2k_get_max_coc_size

remove deprecated v1 style function j2k_write_cod; rename j2k_write_cod_v2 to opj_j2k_write_cod
remove deprecated v1 style function j2k_write_coc; rename j2k_write_coc_v2 to opj_j2k_write_coc
remove deprecated v1 style function j2k_write_cox; rename j2k_write_coc_in_memory to opj_j2k_write_coc_in_memory

remove deprecated v1 style function j2k_write_com; rename j2k_write_com_v2 to opj_j2k_write_com

remove deprecated v1 style function j2k_write_siz; rename j2k_write_siz_v2 to opj_j2k_write_siz

rename j2k_write_soc_v2 to opj_j2k_write_soc

remove deprecated v1 style function j2k_write_soc

remove deprecated v1 style functions j2k_destroy_decompress, j2k_decode_jpt_stream, j2k_destroy_compress and j2k_encode

rename local j2k function with opj_ prefix

free local memory in image_to_j2k application

rename j2k functions with opj_ prefix

remove warnings from dwt.c

Correct the wrong output management of opj_stream_read_seek function (thanks to EvenR)

remove old v1 style functions from jp2.c