[trunk] remove warnings raised by flags -Wall -Wextra -pedantic and vs9 analyzer

[trunk] remove warnings raised by flags -Wall -Wextra -pedantic

[trunk] manage the case where the SOT marker is alone, PSot=12 (case of PHR data).
Fixes  issue 162

[trunk] avoid memory leak in opj_t2_decode_packets

[trunk] add some new tests related to new data; indicate that some tests should failed because data are wrong

[trunk] Add more testing to the tile access/random

Update issue 186

[trunk] Fix what looks like a copy/paste error

Update issue 186

[trunk] Add more test in j2k_random_tile_access

Update issue 186

[trunk] Add new tests (j2k_random_tile_access)

[trunk] remove old structure from testempty

[trunk] add documentation

[trunk]OPJ_STREAM_READ is now equal to OPJ_TRUE and OPJ_STREAM_WRITE to OPJ_FALSE

[trunk] move opj_event_mgr struct from openjpeg. h to event.h

[trunk] remove old struct from V1 and not used in V2

[trunk] Remove bool.h, use opj_bool instead

Fix remaining opj_calloc/malloc/free issues

[trunk] Fix simple warning about unused variables

[trunk] Make sure to use off_t

[trunk] Remove temp fix now that mj2 is fixed

[trunk] Update version number to 2.0. This will help for testing generating scripts

[trunk] Fix remainings issues with doxygen doc

Convert DOS files to UNIX eol

[trunk] Normalize the return type of opj_read_from_file regarding the test in the calling function

[trunk] Remove some simple warnings about missing prototypes

[trunk] Fix compilation when JPIP is OFF

[trunk] Merge back JPIP modification into v2

This commit imports changes from openjpip.c from r2122 into openjpeg.c

[trunk] remove warnings related to the use of -Wall -Wextra -pedantic

[trunk] finish to remove the old cio_ struct (last comment is incomplete)

[trunk] remove some warnings from -Wall -Wextra -pedantic

[trunk]remove some warnings raised by Wall

[trunk] use the right cp structure in image.h

[trunk] remove last warnings from t1

[trunk] rename t1_getwmsedec_v2 to opj_t1_getwmsedec and remove t1_getwmsedec

[trunk] cancel previous commit about use of t1_decode_cblks from v2. We should use t1_decode_cblks from 1.5 because it is faster (rev 557)

[trunk] use the opj_ prefix for last t1 functions

[trunk] [trunk] remove old opj_tcp and rename opj_tcp_v2 to opj_tcp

[trunk] [trunk] remove old opj_cp and rename opj_cp_v2 to opj_cp

[trunk] [trunk] remove old opj_t2 and rename opj_t2_v2 to opj_t2

[trunk] rename opj_tcd_truct_v2 to opj_tcd_struct

[trunk] rename opj_j2k_v2 to opj_j2k

[trunk] remove old opj_j2k struct

[trunk] rename opj_jp2_v2 to opj_jp2

[trunk] remove old opj_jp2 struct

[trunk] correct a mis use of an old struct

[trunk] rename opj_event_msg_v2 to opj_event_msg

[trunk]remove old opj_event_mgr function

[trunk] style

[trunk] remove cio deprecated functions

[trunk]clean jpip marker functions but it is still experimental

[trunk] remove jpt.c/.h which used functions not used by v2. The code is always available in branch 1.5

[trunk] Fix remaining issue with OPJ_CALLCONV

[trunk] Add documentation for stable API/ABI and gcc flags on UNIX

[trunk] marking as deprecated the old cio interface

[trunk] Remove some simple warnings about missing prototypes

[trunk] Fix OpenJPWL compilation

Simply move files over from branch 1.5 onto current trunk, and use current openmj2 copy (it contains a copy of openjpeg 1.5.x)

[trunk] Since r2060 (and r2059) openjpip is now a first class shared library, instead of a local static lib which expose all the symbols.
As such re-apply changes from r2077 which were removed in r2122
Also remove old code for now removed opj_jpip_compress

[trunk] Rework r2077

r2077 did expose too much of the detail implementation of OpenJPEG. Rework dependencies in between JPIP file level details and JPIP client/server arch.
Move JPIP file level functionalities back into OpenJP2 as was the case in openjpeg 1.5.x. Use new cio func.

[trunk] Add missing newline

[trunk] Run fix_comment on invert.c

[trunk] add the support of complex mct encoding when we setup the j2k encoder

[trunk] correct a small warning raised by continous

[trunk] remove old structures from tcd.h

[trunk] use the right v2 structure

[trunk] rename flag_t to opj_flag_t

[trunk] use new opj prefix and type with raw functions

[trunk] remove a usefulness test before a free

[trunk] update jp2./.h to v2 style: use new OPJ type, manage case where bpcc box is available even if ihdr indicate that it is not needed; resolve a LH TODO

[trunk] add documentation to the message handler functions

[trunk] Finalize dwt.v/.h with the v2 style : remove last functions already optimized, add opj_ prefix, use new name of the functions

[trunk] finalize bio.c/.h related to the v2 style

[trunk] Remove SONAME from Java binding

[trunk] Fix java binding installation

[trunk] Fix another set of issue with calling convention

[trunk] Fix issue on windows OS. Need to explicitely state the calling convention

[trunk] Remove some warnings about missing prototypes (gcc)

[trunk] Fix JPIP compilation. Some prototypes were not respected.

[trunk] propagate the renaming to openjpwl

[trunk] fix a compilation error with windows and new public function opj_j2k_start_compress

[trunk]rename j2k_lib to opj_clock

[trunk] modify type of opj_clock function

[trunk] Fix issue during renaming of man page

[trunk] Fix compilation:
- using mingw32 compiler (missing exported symbols)
- using -fvisibility=hidden (gcc on UNIX)

[trunk] Fix Java binding compilation. Need to link against openmj2 for now to resolve all symbols.
Add a local indec.c (pulled from opj 1.5 branch)

[trunk] Fix missing -lm to openjpwl

[trunk] Fix missing link to zlib

[trunk] Fix openmj2 compilation in static mode.

[trunk] Fix compilation in static mode. Prevent duplicate symbols with convert.c implementation

[trunk] Add missing newline character

[trunk] Fix issues in man pages.

[trunk] Fix installaiton of header file

[trunk] remove left-over from ->jpip_on implementation. JPIP is now completely removed from openjp2 and openmj2. Document jpip_iptr_offset variable

[trunk] Fix warning for no previous prototype by using static function

[trunk] Fix advanced (and experimental) Java binding. As reported on the mailing list.

[trunk] Fix openmj2/mj2 compilation

As reported on the mailing list, it is better to have a working (compiling) mj2 codec rather than nothing. mj2 uses it own copy of openjpeg 1.5

Update issue 177

[trunk] Use opj_malloc/opj_free in jpip bin

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task. Remove left over of JPIP

JPIP code was moved from JP2 to openjpip

Update issue 177

[trunk] Update JPIP (FolderReorgProposal task)

This commit does three things:
- Use opj_malloc/calloc/free instead of the default C ones.
- Update JPIP API to start using cio _v2 API
- Create a new opj_jpip_compress which is the replacement for image_to_j2k -jpip

Update issue 177

[trunk] Make openjpip a first class shared lib, for future linking

[trunk] First step in moving JPIP code out of openjp2

[trunk] update t1_generate_luts.c with the right ouput to generate t1_luts

[trunk] Fix spelling. writting -> writing

[trunk] rename int.h to opj_intmath.h and rename all its functions with opj_ prefix