T1: (failed) optimization attempt to use signed magnitude representation (#931)

Instead of using two-complement integer representation of data samples during
code-block decoding, use a signed magnitude representation to avoid comparison
branches in passes.

However the (best) timings show that it is actually slightly slower, or at
least no better. 51649 ms with this attempt vs 51536 before on MAPA_005.jp2
reencoded with default options.

Two variants with sign in msb (the default) or in lsb lead to similar
performances

MQC: remove disabled MQC_PERF_OPT mode, which brings no performance improvements (see #923)

Add comments about non successfull attempt of implementing alternate INITDEC, DECODE and BYTEIN procedures (refs #921)

Merge pull request #926 from rouault/reformat_h_files

Reformat: apply reformattin on .h files (#128)

Reformat: apply reformattin on .h files (#128)

Merge pull request #919 from rouault/reformat

Add mechanisms to reformat and check code style, and reformat whole codebase (#128)

perf_test.py: implement -i option

astyle.options: use non deprecated option name

Reformat whole codebase with astyle.options (#128)

Add mechanisms to reformant and check code style (#128)

Use an internal version of astyle (astyle 3.0). Scripts taken from QGIS.
astyle.options from https://github.com/uclouvain/openjpeg/issues/128

scripts/prepare-commit.sh can be used locally to automatically reformat
edited files.

Travis-CI will run scripts/verify-indentation.sh to verify committed files.

Merge pull request #918 from rouault/profile

Add profiling of CPU and memory usage (#912)

Add profiling of CPU and memory usage (#912)

Merge pull request #917 from rouault/bench

Add performance benchmarking scripts

Add performance benchmarking scripts

And run them by Travis-CI

Merge pull request #915 from rouault/appveyor_fix_attempt

Fix retrieval of jpylyzer in AppVeyor

Fix retrieval of jpylyzer in AppVeyor

Merge pull request #893 from rouault/remove_tagtree_warnings

Remove warnings related to empty tag-trees.

Merge pull request #899 from jwilk/man-warnings

Remove spurious .R macros from manpages

Merge pull request #914 from alexwlchan/fix-readme

Escape quotes to ensure README renders on GitHub correctly

Escape quotes to ensure README renders on GitHub correctly

Remove spurious .R macros from manpages

Fixes the following warnings from man:

    `R' is a string (producing the registered sign), not a macro.

Fixed CRLF auto conversion issue in openjpeg-data #655

Remove warnings related to empty tag-trees.

Decoding some valid .jp2 files like Sentinel2 datasets leads to warnings like:
No incltree created.
tgt_create tree->numnodes == 0, no tree created.
No imsbtree created.
tgt_create tree->numnodes == 0, no tree created.

Besides that, the image is correctly decoded. So there is no reason to emit
those warnings.

Update THANKS.md

Update CHANGELOG.md

fix abi-check and limit upload to website for master

fix abi-check

fix abi-check

Update abi-check scripts for v2.1.2

Update NEWS.md for v2.1.2

Update Changelog for v2.1.2

Update version number for future release 2.2.0

OPENJPEG_NAMESPACE is configurable by user

Remove typos from comments and man pages

Fix PNM file reading (#847)

Malformed PNM file could cause a crash in opj_compress.
Checks were added to prevent this.

Fixes #843
Updates #440

Fix some issues reported by Coverity Scan (#846)

* test_tile_decoder: Fix potential buffer overflow (coverity)

CID 1190155 (#1 of 1): Unbounded source buffer (STRING_SIZE)

Using a pointer instead of buffer of fixed size avoids the limit
for the length of the input file name.

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>
* test_tile_encoder: Fix potential buffer overflow (coverity)

CID 1190154 (#1 of 1): Unbounded source buffer (STRING_SIZE)

Using a pointer instead of buffer of fixed size avoids the limit
for the length of the output file name. This implies that the length
can exceed 255, so the data type for variable len had to be fixed, too.

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>
* openjpip: Initialize data before returning it

This fixes an error reported by Coverity:

CID 1190143 (#1 of 1): Uninitialized scalar variable (UNINIT)

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Fix potential out-of-bounds read (coverity)  (#844)

* query_parser: Fix potential out-of-bounds read (coverity)

CID 1190207 (#1 of 1): Out-of-bounds read (OVERRUN)

Variable i must be checked before testing query_param.box_type.

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>
* jpip_parser: Fix potential out-of-bounds read (coverity)

CID 1190206 (#1 of 1): Out-of-bounds read (OVERRUN)

Variable i must be checked before testing query_param.box_type.

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Merge pull request #834 from trylab/issue833

Fix issue 833.

Disable automatic compilation of t1_generate_luts

Fix #831

renamed USE_THREAD to OPJ_USE_THREAD

renaming to be consistent with previous OPJ CMake options

Remove TODO for overflow check (#842)

The check was already done. It’s been simplified.
Reformat to get consistent style throughout the functions.

Add overflow checks for opj_aligned_malloc (#841)

See
https://pdfium.googlesource.com/pdfium/+/b20ab6c7acb3be1393461eb650ca8fa4660c937e/third_party/libopenjpeg20/0020-opj_aligned_malloc.patch

Flags in T1 shall be unsigned (#840)

This will remove some conversion warnings

Fix some warnings (#838)

Fix warnings introduced by uclouvain/openjpeg#786

Merge branch 'smuehlst-bit-fields-type'

Merge branch 'bit-fields-type' of https://github.com/smuehlst/openjpeg into smuehlst-bit-fields-type

Merge pull request #786 from rouault/tier1_optimizations_multithreading

T1 & DWT multithreading decoding optimizations

remove ops 1.4 and 1.2 from abi-check to avoid symlinks in gh-pages

Fix issue 833.

Add some overflow check operations.

Add test for issue 820 (#829)

Update uclouvain/openjpeg#820

Add test for issue 826 (#827)

Update uclouvain/openjpeg#826

Also correct names for data of issue uclouvain/openjpeg#823

Fix coverity 113065 (CWE-484) (#824)

Update THANKS.md

Merge branch 'master' of https://github.com/uclouvain/openjpeg into tier1_optimizations_multithreading_2

Conflicts:
src/lib/openjp2/t1.c

opj_thread_pool: fix potential deadlock at thread pool destruction

Cast to size_t before multiplication

Need to cast to size_t before multiplication otherwise overflow check is useless.

Add sanity check for tile coordinates (#823)

Coordinates are casted from OPJ_UINT32 to OPJ_INT32
Add sanity check for negative values and upper bound becoming lower
than lower bound.
See also
https://pdfium.googlesource.com/pdfium/+/b6befb2ed2485a3805cddea86dc7574510178ea9

Moved type OPJ_BITFIELD from openjpeg.h to opj_includes.h

OPJ_BITFIELD is used only in internal headers and must not
appear in the public openjpeg.h header.

Merge branch 'master' into bit-fields-type

Add test for PR 818 (#822)

update uclouvain/openjpeg#818

Update to libpng 1.6.25 (#821)

fix incrementing of "l_tcp->m_nb_mcc_records" in opj_j2k_read_mcc (#820)

Fix an integer overflow issue (#809)

Prevent an integer overflow issue in function opj_pi_create_decode of
pi.c.

Add overflow check in opj_tcd_init_tile (#819)

Fix leak & invalid behavior of opj_jp2_read_ihdr (#818)

In case multiple ihdr box are present, only the first one shall be
taken into account.

Add overflow check in opj_j2k_update_image_data (#817)

Change 'restrict' define to 'OPJ_RESTRICT' (#816)

Visual Studio 2015 does not pass regression tests with `__restrict` so kept disabled for MSVC.
Need to check proper usage of OPJ_RESTRICT (if correct then there’s
probably a bug  in vc14)

Closes #661

Add .gitignore (#787)

Ignore all files and directories which are generated by `cmake . && make`.

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Switch to clang 3.8 (#814)

clang 3.9 is currently unavailable for precise through apt

[Win32] Use _beginthreadex instead of CreateThread()

Update to lcms 2.8 (#808)

Update to libpng 1.6.24 (#807)

Reenable clang-3.9 build on travis (#806)

clang-3.9 is now available with apt add-on in travis-ci

Unified bit-field declaration, removed tabs.

Create separate type for bit-fields.

The definition of bit-fields with type OPJ_UINT32 caused complilation errors
on IBM iSeries, because OPJ_UINT32 is defined as uint32_t, and
uint32_t is defined as unsigned long in <stdint.h>. The definition of
bit-fields with an integer type of  a specific size doesn't make sense
anyway.

Add compilation test for standalone inclusion of openjpeg.h (#798)

This ensures all openjpeg.h dependencies are met.
Fix #673

jpwl: Remove non-portable data type u_int16_t (fix issue #796) (#797)

The type casts which used this data type can be removed by changing
the signature of function swap16. As this function is called with
unsigned variables, this change is reasonable.

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Fix dependency for pkg-config (issue #594) (#795)

openjpeg provides libopenjp2.pc, so the require statements must refer to
libopenjp2 instead of openjp2.
Fixes #594

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Update ABI tracker script

Disable previous version.

Update ABI tracker from 2.1 to 2.1.1

update api/abi tracker

Add version 2.1.1 to ABI tracker

Trigger API/ABI update on website

Update INSTALL.md

Update AUTHORS.md

Update AUTHORS file

Update INSTALL, README and THANKS file

Upload changelog and convert some files to mardown

Remove useless diff command in abi-check.sh

Correct abi-check.sh for PR (#791)

Update tcd.c (#790)

cppcheck unitialized variable

Remove clang-3.9 build

c.f. travis-ci/travis-ci#6120

Automatic upload of ABI report (end)

Automatic upload of ABI report (ctd)

Automatic upload of ABI report (ctd)

setup automatic upload of ABI reports

Be robust to failed allocations of job structures

opj_decompress: use clock_gettime() instead of getrusage() so as to get the time spent, and not to the total CPU time

opj_decompress: add a -threads <num_threads> option

.travis.yml: add a conf with OPJ_NUM_THREADS=2