[trunk] move fix_mul inside int.h and remove fix.h from the project

[trunk] remove warnings

[trunk]remove warnings in pi.c through the update of poc struct types with new opj_types.

[trunk] update global functions of tgt with opj_ prefix

[trunk] (style) move global pi functions to the right place and update indentation

[trunk] remove old v1 functions and rename pi_initialise_encode_v2 to opj_pi_initialise_encode; pi_create_encode_v2 to opj_pi_create_decode; pi_destroy_v2 to opj_pi_destroy; pi_create_decode_v2 to opj_pi_create_decode

[trunk] update pi_check_next_level with the opj_ prefix and change output type to be more convenient

[trunk]rename pi_update_encoding_parameters to opj_pi_update_encoding_parameters

[trunk] replace pi_next by opj_pi_next

[trunk] update local function of pi.c with the opj_ prefix and the new opj types

[trunk] update mqc global functions with opj_ prefix

[trunk] add comments to check some parts of mqc.c and update types

upadate mqc with new opj_type and use opj_ prefix for local functions

[trunk] correct warnings linked to static dwt functions because declaration is not hide when we use SSE

{trunk]update mct functions with opj_ prefix and new opj type
add some comments

[trunk] update global functions of bio.c with opj_prefix and new opj type

[trunk] Set of warnings fix for gcc -pedantic

[trunk] Build small internal tools to generate t1_luts.h

[trunk] Import opj_malloc.h from branch 1.5.x

[trunk] V2 will be release with SOVERSION=6

[trunk] Remove old function tgt_create
Fix some warnings about size_t

[trunk] Update README to reflect FolderReorgProposal

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal fix. 3rd party variables were not set

Update issue 177

[trunk] Requires CMake 2.8.2 at least

[trunk] Fix minor cmake style

[trunk] import unit testing from 1.5.x branch

[trunk] remove warnings generated by all project in thirdparties

[trunk] Discard warnings from tiff package

[trunk] rename PACKAGE_VERSION to OPJ_PACKAGE_VERSION

This prevent conflicts with TIFF package which also defines PACKAGE_VERSION

[trunk] Fix missing include directory

[trunk] fix compilation on windows where getopt is not available

[trunk] Fix missing getopt symbols on windows

[trunk] FolderReorgProposal task: Fix openjp2 lib name

[trunk] Fix a set of warnings about C90 issues

[trunk] FolderReorgProposal task. Do not rebuild doxygen always

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: cleanup doxygen

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: fix jpip doxygen

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: Fix doxygen

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: update install instruction

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: move source code to source dir

[trunk] FolderReorgProposal task: only keep a single build system

[trunk] update the name of the executable used for the tests

[trunk] FolderReorgProposal task: rename JP3D CLI tools

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: rename MJ2/JPIP CLI tools

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: fix JPWL

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: rename cli tools

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: Fix Viewer

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: refactor MJ2

Update issue 177

[trunk] FolderReorgProposal task: add JP3D

Update issue 177

[trunk] Continue FolderReorgProposal task. Missing java wrapping

Update issue 177

[trunk] Start FolderReorgProposal task

Update issue 177

update j2k_lib with new opj type

correct a warning in image.c

clean function_list functions

[trunk] Rename bio_create and bio_destroy with opj_ prefix

[trunk] udpate local functions of bio.c with opj_prefix and new opj types
update opj_bio structure

[trunk] update t1_luts.h with opj type

[trunk] update some local function of t1 with opj_prefix and new opj type

 rename opj_t1_enc_clnpass and opj_t1_enc_clnpass_step with opj_ prefix and update types used in theses functions

[trunk]rename t1_enc_refpass_step and t1_enc_repass with opj_ prefix and update types used in theses functions

{trunk] remove old v1 style function t1_encode_cblk
rename t1_encode_cblk_v2 to opj_t1_encode_cblk

[trunk] remove old v1 function t1_encode_blocks

[trunk] remove old v1 style t1_decode_cblk function and rename t1_decode_cblk_v2 to opj_t1_decode_cblk
rename t1_dec_sigpass t1_dec_sigpass_step, t1_updateflags, t1_dec_refpass, t1_dec_refpass_step with opj_prefix and v2 type
delete unused functions in new V2 t1 framework: t1_dec_refpass_raw, t1_dec_refpass_mqc, t1_dec_refpass_mqc_vsc, t1_dec_refpass_step_raw, t1_dec_refpass_step_mqc, t1_dec_refpass_step_mqc_vsc, t1_dec_sigpass_raw, t1_dec_sigpass_mqc, t1_dec_sigpass_mqc_vsc, t1_dec_sigpass_step_raw, t1_dec_sigpass_step_mqc, t1_dec_sigpass_step_mqc_vsc

[trunk]remove t2_init_seg
rename t2_init_seg_v2 to opj_t2_init_seg
rename t2_encode_packet_v2 to opj_t2_encode_packet

[trunk] remove t2_destroy, t2_decode_packets and t2_decode_packet
rename from t2_destroy_v2 to opj_t2_destroy
rename from t2_decode_packets_v2 to opj_t2_decode_packets
rename from t2_decode_packet_v2 to opj_t2_decode_packet

[trunk] remove old v1 style function t2_create
rename t2_create_v2 to opj_t2_create

[trunk] remove t2_encode_packet and t2_encode_packets
rename from t2_encode_packets_v2 to opj_t2_encode_packets

[trunk] update t2_getnumpasses from V2 branch and put opj_ prefix

[trunk] update t2_putnumpasses with V2 style

[trunk] rename t2_getcommacode to opj_t2_getcommacode

[trunk] modify output type of t2_getcommacode

[trunk] rename local functions in t2 with opj_ prefix

rename from t2_skip_packet to opj_t2_skip_packet;
rename from t2_skip_packet_data to opj_t2_skip_packet_data;

[trunk] Fix possible code execution vuln

Thanks to Huzaifa Sidhpurwala of Red Hat Security Response Team for patch + dataset to reproduce issue.
Technically kdu_expand works fine on the image...

Fixes issue 175

[trunk] Fix one remaining issue with C90 compat

[trunk] Use new gcc feature to actually hide exported symbols

Right now we are only using the Windows/POSIX compatibility layer. This means that we have only been marking explicitely which symbols to export.
What this also means is that for one to explicitely remove non-explicitely marked symbols, one has to set -fvisibility=hidden as CFLAGS

[trunk] no need to export MCT_ELEMENT_SIZE symbol

[trunk] Fix Heap-based buffer-overflow when decoding openjpeg image

Thanks to Huzaifa Sidhpurwala of Red Hat Security Response Team for report
This does not affect release 1.5.0 and/or 1.5 release branch.

Fixes issue 170

[trunk] Fix some C90 issues.

[trunk] Fix all C90 issues using gcc -pedantic -Wno-long-long to track them
As a side effect, fix all comment style to remove extra gcc output

Fixes issue 173

[trunk] Remove CMake-language block-end command arguments
Ancient versions of CMake required else(), endif(), and similar block termination commands to have arguments matching the command starting the block.  This is no longer the preferred style.
Thanks to Hans Johnson

[trunk] Convert CMake-language commands to lower case
Ancient CMake versions required upper-case commands.  Later command names became case-insensitive.  Now the preferred style is lower-case.
This also changes all the key words to lower case. The primary reason for changing key words is that all documentation for CMakeLists.txt now shows the key words as lower case. Even the printed “Mastering CMake v5” uses lower case.
Thanks to Hans Johnson

[trunk] STYLE: Clean up documentation errors
Functions should only have formal documentation in one place, and preferably in the declaration (i.e. repeated documentaiton should not be at both the declaration and the definition, because it causes too much maintenance to keep them syncronized).  In cases where the definition is also the declaration (as is often the case for static functions in the .c files) the documentation was preserved at the first use of the function signature.
Functions that are formally documented should contain documentation for each function argument.
The clang 3.1 compiler issues documentation warnings when the documentation block with @params preceeding a declaration does not match the argument list.  This patch set follows a convention used elsewere in openjpeg to add a placeholder FIXME DOC description where one was previously missing.
Thanks to Hans Johnson.

[trunk] Remove all non-ascii characters (Several compilers and development tools are confused by non-ascii characters in source code.  These have been removed) thanks to Hans Johnson

[trunk] COMP: Fix one warning identified by clang31 :
 openjpeg/applications/codec/j2k_dump.c:362 col 29: warning: equality comparison
with extraneous parentheses
(thanks to Hans Johnson)

[trunk] COMP: Remove compiler warning (warning: comparison of unsigned expression < 0 is always false [-Wtautological-compare]) thnaks to Hans Johnson

[trunk] COMP: _v2 code remove (thanks to Hans Johnson and Winfried)

[trunk] memory leaks on ppm_data, found in tests NR-p1_05.j2k-dump, NR-p1_03.j2k-dump, ETS-C1P1-p1_03.j2k-decode, ETS-C0P1-p1_03.j2k-decode, ETS-C0P1-p1_05.j2k-decode

[trunk] realloc is misused and may leak memory (Issue#168) (complements: compilation errors)

[trunk]  realloc is misused and may leak memory (Issue#168)

[trunk] j2k_to_image gives fff-topic error message for non-openable files (Issue#167)

fix a compilation error

rename t1_enc_sigpass_step and t1_enc_sigpass with opj_ prefix and update type

remove deprecated v1 style function t1_destroy; rename t1_destroy_v2 to opj_t1_destroy
remove deprecated v1 style function t1_decode_cblks; rename t1_decode_cblks_v2 to opj_t1_decode_cblks
remove deprecated v1 style function t1_encode_cblks; rename t1_encode_cblks_v2 to opj_t1_encode_cblks
remove deprecated v1 style function t1_create; rename t1_create_v2 to opj_t1_create

rename local functions and struct with opj_ prefix

rename local dwt functions
remove deprecated v1 style function dwt_decode_tile; rename dwt_decode_tile_v2 to opj_dwt_decode_tile

remove deprecated v1 style function dwt_encode; rename dwt_encode_v2 to opj_dwt_encode
remove deprecated v1 style function dwt_decode; rename dwt_decode_v2 to opj_dwt_decode
remove deprecated v1 style function dwt_getgain; rename dwt_getgain_v2 to opj_dwt_getgain
add opj_dwt_getnorm, opj_dwt_getnorm_real functions
remove deprecated v1 style function dwt_encode_real; rename dwt_encode_real_v2 to opj_dwt_encode_real
remove deprecated v1 style function dwt_getgain_real; rename dwt_getgain_real_v2 to opj_dwt_getgain_real
rename dwt_calc_explicit_stepsizes to opj_dwt_calc_explicit_stepsizes

rename local tcd functions with opj_ prefix

remove deprecated v1 style function tcd_decode_tile; rename tcd_decode_tile_v2 to opj_tcd_decode_tile
remove deprecated v1 style function tcd_free_decode
remove deprecated v1 style function tcd_free_decode_tile

remove deprecated v1 style function tcd_destroy; rename tcd_destroy_v2 to opj_tcd_destroy
rename tcd_init_v2 to opj_tcd_init
remove deprecated v1 style function tcd_malloc_encode
remove deprecated v1 style function tcd_free_encode
remove deprecated v1 style function tcd_init_encode
remove deprecated v1 style function tcd_malloc_decode
remove deprecated v1 style function tcd_malloc_decode_tile
remove deprecated v1 style function tcd_makelayer_fixed; rename tcd_makelayer_fixed_v2 to opj_tcd_makelayer_fixed
remove deprecated v1 style function tcd_rateallocate_fixed; rename tcd_rateallocate_fixed_v2 to opj_tcd_rateallocate_fixed
remove deprecated v1 style function tcd_makelayer; rename tcd_makelayer_v2 to opj_tcd_makelayer
remove deprecated v1 style function tcd_rateallocate; rename tcd_rateallocate_v2 to opj_tcd_rateallocate
remove deprecated v1 style function tcd_encode_tile; rename tcd_encode_tile_v2 to opj_tcd_encode_tile