src/bin/jp3d/convert.c

   1 /*
   2  * The copyright in this software is being made available under the 2-clauses
   3  * BSD License, included below. This software may be subject to other third
   4  * party and contributor rights, including patent rights, and no such rights
   5  * are granted under this license.
   6  *
   7  * Copyright (c) 2001-2003, David Janssens
   8  * Copyright (c) 2002-2003, Yannick Verschueren
   9  * Copyright (c) 2003-2005, Francois Devaux and Antonin Descampe
  10  * Copyright (c) 2005, Herve Drolon, FreeImage Team
  11  * Copyright (c) 2002-2005, Communications and remote sensing Laboratory, Universite catholique de Louvain, Belgium
  12  * Copyright (c) 2006, Mónica Díez García, Image Processing Laboratory, University of Valladolid, Spain
  13  * All rights reserved.
  14  *
  15  * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
  16  * modification, are permitted provided that the following conditions
  17  * are met:
  18  * 1. Redistributions of source code must retain the above copyright
  19  *    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
  20  * 2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
  21  *    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
  22  *    documentation and/or other materials provided with the distribution.
  23  *
  24  * THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS `AS IS'
  25  * AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
  26  * IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
  27  * ARE DISCLAIMED.  IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT OWNER OR CONTRIBUTORS BE
  28  * LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR
  29  * CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF
  30  * SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS
  31  * INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN
  32  * CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE)
  33  * ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE
  34  * POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  35  */
  36 #include <stdio.h>
  37 #include <stdlib.h>
  38 #include <string.h>
  39 #include "openjp3d.h"
  40 #ifdef _WIN32
  41 #include "windirent.h"
  42 #else
  43 #include <dirent.h>
  44 #endif /* _WIN32 */
  45
  46
  47
  48 void dump_volume(FILE *fd, opj_volume_t * vol)
  49 {
  50     int compno;
  51     fprintf(fd, "volume {\n");
  52     fprintf(fd, "  x0=%d, y0=%d, z0=%d, x1=%d, y1=%d, z1=%d\n", vol->x0, vol->y0,
  53             vol->z0, vol->x1, vol->y1,  vol->z1);
  54     fprintf(fd, "  numcomps=%d\n", vol->numcomps);
  55     for (compno = 0; compno < vol->numcomps; compno++) {
  56         opj_volume_comp_t *comp = &vol->comps[compno];
  57         fprintf(fd, "  comp %d {\n", compno);
  58         fprintf(fd, "    dx=%d, dy=%d, dz=%d\n", comp->dx, comp->dy, comp->dz);
  59         fprintf(fd, "    prec=%d\n", comp->prec);
  60         fprintf(fd, "    sgnd=%d\n", comp->sgnd);
  61         fprintf(fd, "  }\n");
  62     }
  63     fprintf(fd, "}\n");
  64 }
  65
  66 /*
  67  * Get logarithm of an integer and round downwards.
  68  *
  69  * log2(a)
  70  */
  71 static int int_floorlog2(int a)
  72 {
  73     int l;
  74     for (l = 0; a > 1; l++) {
  75         a >>= 1;
  76     }
  77     return l;
  78 }
  79
  80 /*
  81  * Divide an integer by a power of 2 and round upwards.
  82  *
  83  * a divided by 2^b
  84  */
  85 static int int_ceildivpow2(int a, int b)
  86 {
  87     return (a + (1 << b) - 1) >> b;
  88 }
  89
  90 /*
  91  * Divide an integer and round upwards.
  92  *
  93  * a divided by b
  94  */
  95 static int int_ceildiv(int a, int b)
  96 {
  97     return (a + b - 1) / b;
  98 }
  99
 100
 101 /* -->> -->> -->> -->>
 102
 103 PGX IMAGE FORMAT
 104
 105 <<-- <<-- <<-- <<-- */
 106
 107
 108 unsigned char readuchar(FILE * f)
 109 {
 110     unsigned char c1;
 111     fread(&c1, 1, 1, f);
 112     return c1;
 113 }
 114
 115 unsigned short readushort(FILE * f, int bigendian)
 116 {
 117     unsigned char c1, c2;
 118     fread(&c1, 1, 1, f);
 119     fread(&c2, 1, 1, f);
 120     if (bigendian) {
 121         return (c1 << 8) + c2;
 122     } else {
 123         return (c2 << 8) + c1;
 124     }
 125 }
 126
 127 unsigned int readuint(FILE * f, int bigendian)
 128 {
 129     unsigned char c1, c2, c3, c4;
 130     fread(&c1, 1, 1, f);
 131     fread(&c2, 1, 1, f);
 132     fread(&c3, 1, 1, f);
 133     fread(&c4, 1, 1, f);
 134     if (bigendian) {
 135         return (c1 << 24) + (c2 << 16) + (c3 << 8) + c4;
 136     } else {
 137         return (c4 << 24) + (c3 << 16) + (c2 << 8) + c1;
 138     }
 139 }
 140 /*****************************************/
 141 static unsigned short ShortSwap(unsigned short v)
 142 {
 143     unsigned char c1, c2;
 144     c1 = v & 0xff;
 145     c2 = (v >> 8) & 0xff;
 146     return (c1 << 8) + c2;
 147 }
 148
 149 static unsigned int LongSwap(unsigned int i)
 150 {
 151     unsigned char b1, b2, b3, b4;
 152     b1 = i & 255;
 153     b2 = (i >> 8) & 255;
 154     b3 = (i >> 16) & 255;
 155     b4 = (i >> 24) & 255;
 156     return ((int)b1 << 24) + ((int)b2 << 16) + ((int)b3 << 8) + b4;
 157 }
 158 /*****************************************/
 159
 160 opj_volume_t* pgxtovolume(char *relpath, opj_cparameters_t *parameters)
 161 {
 162
 163     FILE *f = NULL;
 164     int w, h, prec;
 165     unsigned long offset;
 166     int i, s, numcomps, maxvalue, sliceno, slicepos, maxslice = 0;
 167
 168     OPJ_COLOR_SPACE color_space;
 169     opj_volume_cmptparm_t cmptparm; /* maximum of 1 component */
 170     opj_volume_t * volume = NULL;
 171
 172     char endian1, endian2, sign;
 173     char signtmp[32];
 174     char temp[32];
 175     opj_volume_comp_t *comp = NULL;
 176
 177     DIR *dirp;
 178     struct dirent *direntp;
 179
 180     char *tmp = NULL, *tmp2 = NULL,
 181           *point = NULL, *pgx = NULL;
 182     char tmpdirpath[MAX_PATH];
 183     char dirpath[MAX_PATH];
 184     char pattern[MAX_PATH];
 185     char pgxfiles[MAX_SLICES][MAX_PATH];
 186     int pgxslicepos[MAX_SLICES];
 187     char tmpno[3];
 188
 189     numcomps = 1;
 190     color_space = CLRSPC_GRAY;
 191     sliceno = 0;
 192     maxvalue = 0;
 193     memset(pgxfiles, 0, MAX_SLICES * MAX_PATH * sizeof(char));
 194     memset(&cmptparm, 0, sizeof(opj_volume_cmptparm_t));
 195
 196     /* Separación del caso de un único slice frente al de muchos */
 197     if ((tmp = strrchr(relpath, '-')) == NULL) {
 198         /*fprintf(stdout,"[INFO] A volume of only one slice....\n");*/
 199         sliceno = 1;
 200         maxslice = 1;
 201         strcpy(pgxfiles[0], relpath);
 202
 203     } else {
 204         /*Fetch only the path */
 205         strcpy(tmpdirpath, relpath);
 206         if ((tmp = strrchr(tmpdirpath, '/')) != NULL) {
 207             tmp++;
 208             *tmp = '\0';
 209             strcpy(dirpath, tmpdirpath);
 210         } else {
 211             strcpy(dirpath, "./");
 212         }
 213
 214         /*Fetch the pattern of the volume slices*/
 215         if ((tmp = strrchr(relpath, '/')) != NULL) {
 216             tmp++;
 217         } else {
 218             tmp = relpath;
 219         }
 220         if ((tmp2 = strrchr(tmp, '-')) != NULL) {
 221             *tmp2 = '\0';
 222         } else {
 223             fprintf(stdout, "[ERROR] tmp2 ha dado null. no ha encontrado el * %s %s", tmp,
 224                     relpath);
 225             return NULL;
 226         }
 227         strcpy(pattern, tmp);
 228
 229         dirp = opendir(dirpath);
 230         if (dirp == NULL) {
 231             fprintf(stdout,
 232                     "[ERROR] Infile must be a .pgx file or a directory that contain pgx files");
 233             return NULL;
 234         }
 235
 236         /*Read all .pgx files of directory */
 237         while ((direntp = readdir(dirp)) != NULL) {
 238             /* Found a directory, but ignore . and .. */
 239             if (strcmp(".", direntp->d_name) == 0 || strcmp("..", direntp->d_name) == 0) {
 240                 continue;
 241             }
 242
 243             if (((pgx = strstr(direntp->d_name, pattern)) != NULL) &&
 244                     ((tmp2 = strstr(direntp->d_name, ".pgx")) != NULL)) {
 245
 246                 strcpy(tmp, dirpath);
 247                 tmp = strcat(tmp, direntp->d_name);
 248
 249                 /*Obtenemos el index de la secuencia de slices*/
 250                 if ((tmp2 = strpbrk(direntp->d_name, "0123456789")) == NULL) {
 251                     continue;
 252                 }
 253                 i = 0;
 254                 while (tmp2 != NULL) {
 255                     tmpno[i++] = *tmp2;
 256                     point = tmp2;
 257                     tmp2 = strpbrk(tmp2 + 1, "0123456789");
 258                 }
 259                 tmpno[i] = '\0';
 260
 261                 /*Comprobamos que no estamos leyendo algo raro como pattern.jp3d*/
 262                 if ((point = strpbrk(point, ".")) == NULL) {
 263                     break;
 264                 }
 265                 /*Slicepos --> index de slice; Sliceno --> no de slices hasta el momento*/
 266                 slicepos = atoi(tmpno);
 267                 pgxslicepos[sliceno] = slicepos - 1;
 268                 sliceno++;
 269                 if (slicepos > maxslice) {
 270                     maxslice = slicepos;
 271                 }
 272
 273                 /*Colocamos el slices en su posicion correspondiente*/
 274                 strcpy(pgxfiles[slicepos - 1], tmp);
 275             }
 276         }
 277
 278     }/* else if pattern*.pgx */
 279
 280     if (!sliceno) {
 281         fprintf(stdout,
 282                 "[ERROR] No slices with this pattern founded !! Please check input volume name\n");
 283         return NULL;
 284     }
 285     /*if ( maxslice != sliceno) {
 286         fprintf(stdout,"[ERROR] Slices are not sequentially numbered !! Please rename them accordingly\n");
 287         return NULL;
 288     }*/
 289
 290     for (s = 0; s < sliceno; s++) {
 291         int pos = maxslice == sliceno ? s : pgxslicepos[s];
 292         f = fopen(pgxfiles[pos], "rb");
 293         if (!f) {
 294             fprintf(stdout, "[ERROR] Failed to open %s for reading !\n", pgxfiles[s]);
 295             return NULL;
 296         }
 297         fprintf(stdout, "[INFO] Loading %s \n", pgxfiles[pos]);
 298
 299         fseek(f, 0, SEEK_SET);
 300         fscanf(f, "PG%[ \t]%c%c%[ \t+-]%d%[ \t]%d%[ \t]%d", temp, &endian1, &endian2,
 301                signtmp, &prec, temp, &w, temp, &h);
 302
 303         i = 0;
 304         sign = '+';
 305         while (signtmp[i] != '\0') {
 306             if (signtmp[i] == '-') {
 307                 sign = '-';
 308             }
 309             i++;
 310         }
 311
 312         fgetc(f);
 313         if (endian1 == 'M' && endian2 == 'L') {
 314             cmptparm.bigendian = 1;
 315         } else if (endian2 == 'M' && endian1 == 'L') {
 316             cmptparm.bigendian = 0;
 317         } else {
 318             fprintf(stdout, "[ERROR] Bad pgx header, please check input file\n");
 319             fclose(f);
 320             return NULL;
 321         }
 322
 323         if (s == 0) {
 324             /* initialize volume component */
 325
 326             cmptparm.x0 = parameters->volume_offset_x0;
 327             cmptparm.y0 = parameters->volume_offset_y0;
 328             cmptparm.z0 = parameters->volume_offset_z0;
 329             cmptparm.w = !cmptparm.x0 ? (w - 1) * parameters->subsampling_dx + 1 :
 330                          cmptparm.x0 + (w - 1) * parameters->subsampling_dx + 1;
 331             cmptparm.h = !cmptparm.y0 ? (h - 1) * parameters->subsampling_dy + 1 :
 332                          cmptparm.y0 + (h - 1) * parameters->subsampling_dy + 1;
 333             cmptparm.l = !cmptparm.z0 ? (sliceno - 1) * parameters->subsampling_dz + 1 :
 334                          cmptparm.z0 + (sliceno - 1) * parameters->subsampling_dz + 1;
 335
 336             if (sign == '-') {
 337                 cmptparm.sgnd = 1;
 338             } else {
 339                 cmptparm.sgnd = 0;
 340             }
 341             cmptparm.prec = prec;
 342             cmptparm.bpp = prec;
 343             cmptparm.dcoffset = parameters->dcoffset;
 344             cmptparm.dx = parameters->subsampling_dx;
 345             cmptparm.dy = parameters->subsampling_dy;
 346             cmptparm.dz = parameters->subsampling_dz;
 347
 348             /* create the volume */
 349             volume = opj_volume_create(numcomps, &cmptparm, color_space);
 350             if (!volume) {
 351                 fclose(f);
 352                 return NULL;
 353             }
 354             /* set volume offset and reference grid */
 355             volume->x0 = cmptparm.x0;
 356             volume->y0 = cmptparm.y0;
 357             volume->z0 = cmptparm.z0;
 358             volume->x1 = cmptparm.w;
 359             volume->y1 = cmptparm.h;
 360             volume->z1 = cmptparm.l;
 361
 362             /* set volume data :only one component, that is a volume*/
 363             comp = &volume->comps[0];
 364
 365         }/*if sliceno==1*/
 366
 367         offset = w * h * s;
 368
 369         for (i = 0; i < w * h; i++) {
 370             int v;
 371             if (comp->prec <= 8) {
 372                 if (!comp->sgnd) {
 373                     v = readuchar(f);
 374                 } else {
 375                     v = (char) readuchar(f);
 376                 }
 377             } else if (comp->prec <= 16) {
 378                 if (!comp->sgnd) {
 379                     v = readushort(f, cmptparm.bigendian);
 380                 } else {
 381                     v = (short) readushort(f, cmptparm.bigendian);
 382                 }
 383             } else {
 384                 if (!comp->sgnd) {
 385                     v = readuint(f, cmptparm.bigendian);
 386                 } else {
 387                     v = (int) readuint(f, cmptparm.bigendian);
 388                 }
 389             }
 390             if (v > maxvalue) {
 391                 maxvalue = v;
 392             }
 393             comp->data[i + offset] = v;
 394
 395         }
 396         fclose(f);
 397     } /* for s --> sliceno*/
 398     comp->bpp = int_floorlog2(maxvalue) + 1;
 399     if (sliceno != 1) {
 400         closedir(dirp);
 401     }
 402     /*dump_volume(stdout, volume);*/
 403     return volume;
 404 }
 405
 406
 407 int volumetopgx(opj_volume_t * volume, char *outfile)
 408 {
 409     int w, wr, wrr, h, hr, hrr, l, lr, lrr;
 410     int i, j, compno, offset, sliceno;
 411     FILE *fdest = NULL;
 412
 413     for (compno = 0; compno < volume->numcomps; compno++) {
 414         opj_volume_comp_t *comp = &volume->comps[compno];
 415         char name[256];
 416         int nbytes = 0;
 417         char *tmp = outfile;
 418         while (*tmp) {
 419             tmp++;
 420         }
 421         while (*tmp != '.') {
 422             tmp--;
 423         }
 424         *tmp = '\0';
 425         for (sliceno = 0; sliceno < volume->z1 - volume->z0; sliceno++) {
 426
 427             if (volume->numcomps > 1) {
 428                 sprintf(name, "%s%d-%d.pgx", outfile, sliceno + 1, compno);
 429             } else if ((volume->z1 - volume->z0) > 1) {
 430                 sprintf(name, "%s%d.pgx", outfile, sliceno + 1);
 431             } else {
 432                 sprintf(name, "%s.pgx", outfile);
 433             }
 434
 435             fdest = fopen(name, "wb");
 436             if (!fdest) {
 437                 fprintf(stdout, "[ERROR] Failed to open %s for writing \n", name);
 438                 return 1;
 439             }
 440
 441             fprintf(stdout, "[INFO] Writing in %s (%s)\n", name,
 442                     volume->comps[0].bigendian ? "Bigendian" : "Little-endian");
 443
 444             w = int_ceildiv(volume->x1 - volume->x0, volume->comps[compno].dx);
 445             wr = volume->comps[compno].w;
 446             wrr = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].w, volume->comps[compno].factor[0]);
 447
 448             h = int_ceildiv(volume->y1 - volume->y0, volume->comps[compno].dy);
 449             hr = volume->comps[compno].h;
 450             hrr = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].h, volume->comps[compno].factor[1]);
 451
 452             l = int_ceildiv(volume->z1 - volume->z0, volume->comps[compno].dz);
 453             lr = volume->comps[compno].l;
 454             lrr = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].l, volume->comps[compno].factor[2]);
 455
 456             fprintf(fdest, "PG %c%c %c%d %d %d\n", comp->bigendian ? 'M' : 'L',
 457                     comp->bigendian ? 'L' : 'M', comp->sgnd ? '-' : '+', comp->prec, wr, hr);
 458             if (comp->prec <= 8) {
 459                 nbytes = 1;
 460             } else if (comp->prec <= 16) {
 461                 nbytes = 2;
 462             } else {
 463                 nbytes = 4;
 464             }
 465
 466             offset = (sliceno / lrr * l) + (sliceno % lrr);
 467             offset = wrr * hrr * offset;
 468             /*fprintf(stdout,"%d %d %d %d\n",offset,wrr*hrr,wrr,w);*/
 469             for (i = 0; i < wrr * hrr; i++) {
 470                 int v = volume->comps[0].data[(i / wrr * w) + (i % wrr) + offset];
 471                 if (volume->comps[0].bigendian) {
 472                     for (j = nbytes - 1; j >= 0; j--) {
 473                         char byte = (char)((v >> (j * 8)) & 0xff);
 474                         fwrite(&byte, 1, 1, fdest);
 475                     }
 476                 } else {
 477                     for (j = 0; j <= nbytes - 1; j++) {
 478                         char byte = (char)((v >> (j * 8)) & 0xff);
 479                         fwrite(&byte, 1, 1, fdest);
 480                     }
 481                 }
 482             }
 483
 484             fclose(fdest);
 485         }/*for sliceno*/
 486     }/*for compno*/
 487
 488     return 0;
 489 }
 490
 491 /* -->> -->> -->> -->>
 492
 493 BIN IMAGE FORMAT
 494
 495 <<-- <<-- <<-- <<-- */
 496
 497 opj_volume_t* bintovolume(char *filename, char *fileimg,
 498                           opj_cparameters_t *parameters)
 499 {
 500     int subsampling_dx =  parameters->subsampling_dx;
 501     int subsampling_dy =  parameters->subsampling_dy;
 502     int subsampling_dz =  parameters->subsampling_dz;
 503
 504     int i, compno, w, h, l, numcomps = 1;
 505     int prec, max = 0;
 506
 507     /*  char temp[32];*/
 508     char line[100];
 509     int bigendian;
 510
 511     FILE *f = NULL;
 512     FILE *fimg = NULL;
 513     OPJ_COLOR_SPACE color_space;
 514     opj_volume_cmptparm_t cmptparm; /* maximum of 1 component */
 515     opj_volume_t * volume = NULL;
 516     opj_volume_comp_t *comp = NULL;
 517
 518     bigendian = 0;
 519     color_space = CLRSPC_GRAY;
 520
 521     fimg = fopen(fileimg, "r");
 522     if (!fimg) {
 523         fprintf(stdout, "[ERROR] Failed to open %s for reading !!\n", fileimg);
 524         return 0;
 525     }
 526
 527     fseek(fimg, 0, SEEK_SET);
 528     while (!feof(fimg)) {
 529         fgets(line, 100, fimg);
 530         /*fprintf(stdout,"%s %d \n",line,feof(fimg));*/
 531         if (strncmp(line, "Bpp", 3) == 0) {
 532             sscanf(line, "%*s%*[ \t]%d", &prec);
 533         } else if (strncmp(line, "Color", 5) == 0) {
 534             sscanf(line, "%*s%*[ \t]%d", &color_space);
 535         } else if (strncmp(line, "Dim", 3) == 0) {
 536             sscanf(line, "%*s%*[ \t]%d%*[ \t]%d%*[ \t]%d", &w, &h, &l);
 537         }
 538     }
 539     /*fscanf(fimg, "Bpp%[ \t]%d%[ \t\n]",temp,&prec,temp);*/
 540     /*fscanf(fimg, "Color Map%[ \t]%d%[ \n\t]Dimensions%[ \t]%d%[ \t]%d%[ \t]%d%[ \n\t]",temp,&color_space,temp,temp,&w,temp,&h,temp,&l,temp);*/
 541     /*fscanf(fimg, "Resolution(mm)%[ \t]%d%[ \t]%d%[ \t]%d%[ \n\t]",temp,&subsampling_dx,temp,&subsampling_dy,temp,&subsampling_dz,temp);*/
 542
 543 #ifdef VERBOSE
 544     fprintf(stdout, "[INFO] %d \t %d %d %d \t %3.2f %2.2f %2.2f \t %d \n",
 545             color_space, w, h, l, subsampling_dx, subsampling_dy, subsampling_dz, prec);
 546 #endif
 547     fclose(fimg);
 548
 549     /* initialize volume components */
 550     memset(&cmptparm, 0, sizeof(opj_volume_cmptparm_t));
 551
 552     cmptparm.prec = prec;
 553     cmptparm.bpp = prec;
 554     cmptparm.sgnd = 0;
 555     cmptparm.bigendian = bigendian;
 556     cmptparm.dcoffset = parameters->dcoffset;
 557     cmptparm.dx = subsampling_dx;
 558     cmptparm.dy = subsampling_dy;
 559     cmptparm.dz = subsampling_dz;
 560     cmptparm.w = w;
 561     cmptparm.h = h;
 562     cmptparm.l = l;
 563
 564     /* create the volume */
 565     volume = opj_volume_create(numcomps, &cmptparm, color_space);
 566     if (!volume) {
 567         fprintf(stdout, "[ERROR] Unable to create volume");
 568         fclose(f);
 569         return NULL;
 570     }
 571
 572     /* set volume offset and reference grid */
 573     volume->x0 = parameters->volume_offset_x0;
 574     volume->y0 = parameters->volume_offset_y0;
 575     volume->z0 = parameters->volume_offset_z0;
 576     volume->x1 = parameters->volume_offset_x0 + (w - 1) *   subsampling_dx + 1;
 577     volume->y1 = parameters->volume_offset_y0 + (h - 1) *   subsampling_dy + 1;
 578     volume->z1 = parameters->volume_offset_z0 + (l - 1) *   subsampling_dz + 1;
 579
 580     /* set volume data */
 581     f = fopen(filename, "rb");
 582     if (!f) {
 583         fprintf(stdout, "[ERROR] Failed to open %s for reading !!\n", filename);
 584         return 0;
 585     }
 586
 587     /* BINARY */
 588     for (compno = 0; compno < volume->numcomps; compno++) {
 589         int whl = w * h * l;
 590         /* set volume data */
 591         comp = &volume->comps[compno];
 592
 593         /*if (comp->prec <= 8) {
 594             if (!comp->sgnd) {
 595                 unsigned char *data = (unsigned char *) malloc(whl * sizeof(unsigned char));
 596                 fread(data, 1, whl, f);
 597                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 598                     comp->data[i] = data[i];
 599                     if (comp->data[i] > max)
 600                         max = comp->data[i];
 601                 }
 602                 free(data);
 603             } else {
 604                 char *data = (char *) malloc(whl);
 605                 fread(data, 1, whl, f);
 606                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 607                     comp->data[i] = data[i];
 608                     if (comp->data[i] > max)
 609                         max = comp->data[i];
 610                 }
 611                 free(data);
 612             }
 613         } else if (comp->prec <= 16) {
 614             if (!comp->sgnd) {
 615                 unsigned short *data = (unsigned short *) malloc(whl * sizeof(unsigned short));
 616                 int leido = fread(data, 2, whl, f);
 617                 if (!leido) {
 618                     free(data); fclose(f);
 619                     return NULL;
 620                 }
 621
 622                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 623                     if (bigendian)  //(c1 << 8) + c2;
 624                         comp->data[i] = data[i];
 625                     else{           //(c2 << 8) + c1;
 626                         comp->data[i] = ShortSwap(data[i]);
 627                     }
 628                     if (comp->data[i] > max)
 629                         max = comp->data[i];
 630                 }
 631                 free(data);
 632             } else {
 633                 short *data = (short *) malloc(whl);
 634                 int leido = fread(data, 2, whl, f);
 635                 if (!leido) {
 636                     free(data); fclose(f);
 637                     return NULL;
 638                 }
 639                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 640                     if (bigendian){ //(c1 << 8) + c2;
 641                         comp->data[i] = data[i];
 642                     }else{          //(c2 << 8) + c1;
 643                         comp->data[i] = (short) ShortSwap((unsigned short) data[i]);
 644                     }
 645                     if (comp->data[i] > max)
 646                         max = comp->data[i];
 647                 }
 648                 free(data);
 649             }
 650         } else {
 651             if (!comp->sgnd) {
 652                 unsigned int *data = (unsigned int *) malloc(whl * sizeof(unsigned int));
 653                 int leido = fread(data, 4, whl, f);
 654                 if (!leido) {
 655                     free(data); fclose(f);
 656                     return NULL;
 657                 }               for (i = 0; i < whl; i++) {
 658                     if (!bigendian)
 659                         comp->data[i] = LongSwap(data[i]);
 660                     else
 661                         comp->data[i] = data[i];
 662                     if (comp->data[i] > max)
 663                         max = comp->data[i];
 664                 }
 665                 free(data);
 666             } else {
 667                 int leido = fread(comp->data, 4, whl, f);
 668                 if (!leido) {
 669                     fclose(f);
 670                     return NULL;
 671                 }
 672                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 673                     if (!bigendian)
 674                         comp->data[i] = (int) LongSwap((unsigned int) comp->data[i]);
 675                     if (comp->data[i] > max)
 676                         max = comp->data[i];
 677                 }
 678             }
 679         }*/
 680
 681         for (i = 0; i < whl; i++) {
 682             int v;
 683             if (comp->prec <= 8) {
 684                 if (!comp->sgnd) {
 685                     v = readuchar(f);
 686                 } else {
 687                     v = (char) readuchar(f);
 688                 }
 689             } else if (comp->prec <= 16) {
 690                 if (!comp->sgnd) {
 691                     v = readushort(f, bigendian);
 692                 } else {
 693                     v = (short) readushort(f, bigendian);
 694                 }
 695             } else {
 696                 if (!comp->sgnd) {
 697                     v = readuint(f, bigendian);
 698                 } else {
 699                     v = (int) readuint(f, bigendian);
 700                 }
 701             }
 702             if (v > max) {
 703                 max = v;
 704             }
 705             comp->data[i] = v;
 706         }
 707         comp->bpp = int_floorlog2(max) + 1;
 708     }
 709     fclose(f);
 710     return volume;
 711 }
 712
 713 int volumetobin(opj_volume_t * volume, char *outfile)
 714 {
 715     int w, wr, wrr, h, hr, hrr, l, lr, lrr, max;
 716     int i, j, compno, nbytes;
 717     int offset, sliceno;
 718     FILE *fdest = NULL;
 719     FILE *fimgdest = NULL;
 720     /*  char *imgtemp;*/
 721     char name[256];
 722
 723     for (compno = 0; compno < 1; compno++) { /*Only one component*/
 724
 725         fdest = fopen(outfile, "wb");
 726         if (!fdest) {
 727             fprintf(stdout, "[ERROR] Failed to open %s for writing\n", outfile);
 728             return 1;
 729         }
 730         fprintf(stdout, "[INFO] Writing outfile %s (%s) \n", outfile,
 731                 volume->comps[0].bigendian ? "Bigendian" : "Little-endian");
 732
 733         w = int_ceildiv(volume->x1 - volume->x0, volume->comps[compno].dx);
 734         wr = volume->comps[compno].w;
 735         wrr = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].w, volume->comps[compno].factor[0]);
 736
 737         h = int_ceildiv(volume->y1 - volume->y0, volume->comps[compno].dy);
 738         hr = volume->comps[compno].h;
 739         hrr = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].h, volume->comps[compno].factor[1]);
 740
 741         l = int_ceildiv(volume->z1 - volume->z0, volume->comps[compno].dz);
 742         lr = volume->comps[compno].l;
 743         lrr = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].l, volume->comps[compno].factor[2]);
 744
 745         max = (volume->comps[compno].prec <= 8) ? 255 : (1 <<
 746                 volume->comps[compno].prec) - 1;
 747
 748         volume->comps[compno].x0 = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].x0 -
 749                                    int_ceildiv(volume->x0, volume->comps[compno].dx),
 750                                    volume->comps[compno].factor[0]);
 751         volume->comps[compno].y0 = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].y0 -
 752                                    int_ceildiv(volume->y0, volume->comps[compno].dy),
 753                                    volume->comps[compno].factor[1]);
 754         volume->comps[compno].z0 = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].z0 -
 755                                    int_ceildiv(volume->z0, volume->comps[compno].dz),
 756                                    volume->comps[compno].factor[2]);
 757
 758         if (volume->comps[0].prec <= 8) {
 759             nbytes = 1;
 760         } else if (volume->comps[0].prec <= 16) {
 761             nbytes = 2;
 762         } else {
 763             nbytes = 4;
 764         }
 765
 766         /*fprintf(stdout,"w %d wr %d wrr %d h %d hr %d hrr %d l %d lr %d lrr %d max %d nbytes %d\n Factor %d %d %d",w,wr,wrr,h,hr,hrr,l,lr,lrr,max,nbytes,volume->comps[compno].factor[0],volume->comps[compno].factor[1],volume->comps[compno].factor[2]);*/
 767
 768         for (sliceno = 0; sliceno < lrr; sliceno++) {
 769             offset = (sliceno / lrr * l) + (sliceno % lrr);
 770             offset = wrr * hrr * offset;
 771             for (i = 0; i < wrr * hrr; i++) {
 772                 int v = volume->comps[0].data[(i / wrr * w) + (i % wrr) + offset];
 773                 if (volume->comps[0].bigendian) {
 774                     for (j = nbytes - 1; j >= 0; j--) {
 775                         char byte = (char)((v >> (j * 8)) & 0xff);
 776                         fwrite(&byte, 1, 1, fdest);
 777                     }
 778                 } else {
 779                     for (j = 0; j <= nbytes - 1; j++) {
 780                         char byte = (char)((v >> (j * 8)) & 0xff);
 781                         fwrite(&byte, 1, 1, fdest);
 782                     }
 783                 }
 784             }
 785         }
 786
 787     }
 788
 789     fclose(fdest);
 790
 791     snprintf(name, sizeof(name), "%s.img", outfile);
 792     fimgdest = fopen(name, "w");
 793     if (!fimgdest) {
 794         fprintf(stdout, "[ERROR] Failed to open %s for writing\n", name);
 795         return 1;
 796     }
 797     fprintf(fimgdest,
 798             "Bpp\t%d\nColor Map\t2\nDimensions\t%d\t%d\t%d\nResolution(mm)\t%d\t%d\t%d\t\n",
 799             volume->comps[0].prec, wrr, hrr, lrr, volume->comps[0].dx, volume->comps[0].dy,
 800             volume->comps[0].dz);
 801
 802     fclose(fimgdest);
 803     return 0;
 804 }
 805 /* -->> -->> -->> -->>
 806
 807 IMG IMAGE FORMAT
 808
 809 <<-- <<-- <<-- <<-- */
 810 opj_volume_t* imgtovolume(char *fileimg, opj_cparameters_t *parameters)
 811 {
 812     int subsampling_dx =  parameters->subsampling_dx;
 813     int subsampling_dy =  parameters->subsampling_dy;
 814     int subsampling_dz =  parameters->subsampling_dz;
 815
 816     int i, compno, w, h, l, numcomps = 1;
 817     int prec, max = 0, min = 0;
 818     float dx, dy, dz;
 819     char filename[100], tmpdirpath[100], dirpath[100], *tmp;
 820     char line[100], datatype[100];
 821     int bigendian;
 822
 823     FILE *f = NULL;
 824     FILE *fimg = NULL;
 825     OPJ_COLOR_SPACE color_space;
 826     opj_volume_cmptparm_t cmptparm; /* maximum of 1 component */
 827     opj_volume_t * volume = NULL;
 828     opj_volume_comp_t *comp = NULL;
 829
 830     bigendian = 0;
 831     color_space = CLRSPC_GRAY;
 832
 833     fimg = fopen(fileimg, "r");
 834     if (!fimg) {
 835         fprintf(stderr, "[ERROR] Failed to open %s for reading !!\n", fileimg);
 836         return 0;
 837     }
 838
 839     /*Fetch only the path */
 840     strcpy(tmpdirpath, fileimg);
 841     if ((tmp = strrchr(tmpdirpath, '/')) != NULL) {
 842         tmp++;
 843         *tmp = '\0';
 844         strcpy(dirpath, tmpdirpath);
 845     } else {
 846         strcpy(dirpath, "./");
 847     }
 848
 849     fseek(fimg, 0, SEEK_SET);
 850     while (!feof(fimg)) {
 851         fgets(line, 100, fimg);
 852         /*fprintf(stdout,"%s %d \n",line,feof(fimg));*/
 853         if (strncmp(line, "Image", 5) == 0) {
 854             sscanf(line, "%*s%*[ \t]%s", datatype);
 855         } else if (strncmp(line, "File", 4) == 0) {
 856             sscanf(line, "%*s %*s%*[ \t]%s", filename);
 857             strcat(dirpath, filename);
 858             strcpy(filename, dirpath);
 859         } else if (strncmp(line, "Min", 3) == 0) {
 860             sscanf(line, "%*s %*s%*[ \t]%d%*[ \t]%d", &min, &max);
 861             prec = int_floorlog2(max - min + 1);
 862         } else if (strncmp(line, "Bpp", 3) == 0) {
 863             sscanf(line, "%*s%*[ \t]%d", &prec);
 864         } else if (strncmp(line, "Color", 5) == 0) {
 865             sscanf(line, "%*s %*s%*[ \t]%d", &color_space);
 866         } else if (strncmp(line, "Dim", 3) == 0) {
 867             sscanf(line, "%*s%*[ \t]%d%*[ \t]%d%*[ \t]%d", &w, &h, &l);
 868         } else if (strncmp(line, "Res", 3) == 0) {
 869             sscanf(line, "%*s%*[ \t]%f%*[ \t]%f%*[ \t]%f", &dx, &dy, &dz);
 870         }
 871
 872     }
 873 #ifdef VERBOSE
 874     fprintf(stdout, "[INFO] %s %d \t %d %d %d \t %f %f %f \t %d %d %d \n", filename,
 875             color_space, w, h, l, dx, dy, dz, max, min, prec);
 876 #endif
 877     fclose(fimg);
 878
 879     /* error control */
 880     if (!prec || !w || !h || !l) {
 881         fprintf(stderr,
 882                 "[ERROR] Unable to read IMG file correctly. Found some null values.");
 883         return NULL;
 884     }
 885
 886     /* initialize volume components */
 887     memset(&cmptparm, 0, sizeof(opj_volume_cmptparm_t));
 888
 889     cmptparm.prec = prec;
 890     cmptparm.bpp = prec;
 891     cmptparm.sgnd = 0;
 892     cmptparm.bigendian = bigendian;
 893     cmptparm.dcoffset = parameters->dcoffset;
 894     cmptparm.dx = subsampling_dx;
 895     cmptparm.dy = subsampling_dy;
 896     cmptparm.dz = subsampling_dz;
 897     cmptparm.w = w;
 898     cmptparm.h = h;
 899     cmptparm.l = l;
 900
 901     /* create the volume */
 902     volume = opj_volume_create(numcomps, &cmptparm, color_space);
 903     if (!volume) {
 904         fprintf(stdout, "[ERROR] Unable to create volume");
 905         return NULL;
 906     }
 907
 908     /* set volume offset and reference grid */
 909     volume->x0 = parameters->volume_offset_x0;
 910     volume->y0 = parameters->volume_offset_y0;
 911     volume->z0 = parameters->volume_offset_z0;
 912     volume->x1 = parameters->volume_offset_x0 + (w - 1) *   subsampling_dx + 1;
 913     volume->y1 = parameters->volume_offset_y0 + (h - 1) *   subsampling_dy + 1;
 914     volume->z1 = parameters->volume_offset_z0 + (l - 1) *   subsampling_dz + 1;
 915
 916     max = 0;
 917     /* set volume data */
 918     f = fopen(filename, "rb");
 919     if (!f) {
 920         fprintf(stderr, "[ERROR] Failed to open %s for reading !!\n", filename);
 921         fclose(f);
 922         return 0;
 923     }
 924
 925     /* BINARY */
 926     for (compno = 0; compno < volume->numcomps; compno++) {
 927         int whl = w * h * l;
 928         /* set volume data */
 929         comp = &volume->comps[compno];
 930
 931         /*if (comp->prec <= 8) {
 932             if (!comp->sgnd) {
 933                 unsigned char *data = (unsigned char *) malloc(whl * sizeof(unsigned char));
 934                 fread(data, 1, whl, f);
 935                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 936                     comp->data[i] = data[i];
 937                     if (comp->data[i] > max)
 938                         max = comp->data[i];
 939                 }
 940                 free(data);
 941             } else {
 942                 char *data = (char *) malloc(whl);
 943                 fread(data, 1, whl, f);
 944                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 945                     comp->data[i] = data[i];
 946                     if (comp->data[i] > max)
 947                         max = comp->data[i];
 948                 }
 949                 free(data);
 950             }
 951         } else if (comp->prec <= 16) {
 952             if (!comp->sgnd) {
 953                 unsigned short *data = (unsigned short *) malloc(whl * sizeof(unsigned short));
 954                 int leido = fread(data, 2, whl, f);
 955                 if (!leido) {
 956                     free(data); fclose(f);
 957                     return NULL;
 958                 }
 959
 960                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 961                     if (bigendian)  //(c1 << 8) + c2;
 962                         comp->data[i] = data[i];
 963                     else{           //(c2 << 8) + c1;
 964                         comp->data[i] = ShortSwap(data[i]);
 965                     }
 966                     if (comp->data[i] > max)
 967                         max = comp->data[i];
 968                 }
 969                 free(data);
 970             } else {
 971                 short *data = (short *) malloc(whl);
 972                 int leido = fread(data, 2, whl, f);
 973                 if (!leido) {
 974                     free(data); fclose(f);
 975                     return NULL;
 976                 }
 977                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 978                     if (bigendian){ //(c1 << 8) + c2;
 979                         comp->data[i] = data[i];
 980                     }else{          //(c2 << 8) + c1;
 981                         comp->data[i] = (short) ShortSwap((unsigned short) data[i]);
 982                     }
 983                     if (comp->data[i] > max)
 984                         max = comp->data[i];
 985                 }
 986                 free(data);
 987             }
 988         } else {
 989             if (!comp->sgnd) {
 990                 unsigned int *data = (unsigned int *) malloc(whl * sizeof(unsigned int));
 991                 int leido = fread(data, 4, whl, f);
 992                 if (!leido) {
 993                     free(data); fclose(f);
 994                     return NULL;
 995                 }               for (i = 0; i < whl; i++) {
 996                     if (!bigendian)
 997                         comp->data[i] = LongSwap(data[i]);
 998                     else
 999                         comp->data[i] = data[i];
1000                     if (comp->data[i] > max)
1001                         max = comp->data[i];
1002                 }
1003                 free(data);
1004             } else {
1005                 int leido = fread(comp->data, 4, whl, f);
1006                 if (!leido) {
1007                     fclose(f);
1008                     return NULL;
1009                 }
1010                 for (i = 0; i < whl; i++) {
1011                     if (!bigendian)
1012                         comp->data[i] = (int) LongSwap((unsigned int) comp->data[i]);
1013                     if (comp->data[i] > max)
1014                         max = comp->data[i];
1015                 }
1016             }
1017         }*/
1018
1019         for (i = 0; i < whl; i++) {
1020             int v;
1021             if (comp->prec <= 8) {
1022                 if (!comp->sgnd) {
1023                     v = readuchar(f);
1024                 } else {
1025                     v = (char) readuchar(f);
1026                 }
1027             } else if (comp->prec <= 16) {
1028                 if (!comp->sgnd) {
1029                     v = readushort(f, bigendian);
1030                 } else {
1031                     v = (short) readushort(f, bigendian);
1032                 }
1033             } else {
1034                 if (!comp->sgnd) {
1035                     v = readuint(f, bigendian);
1036                 } else {
1037                     v = (int) readuint(f, bigendian);
1038                 }
1039             }
1040             if (v > max) {
1041                 max = v;
1042             }
1043             comp->data[i] = v;
1044         }
1045         comp->bpp = int_floorlog2(max) + 1;
1046     }
1047     fclose(f);
1048     return volume;
1049 }
1050