src/bin/jp3d/convert.c

   1 /*
   2  * The copyright in this software is being made available under the 2-clauses
   3  * BSD License, included below. This software may be subject to other third
   4  * party and contributor rights, including patent rights, and no such rights
   5  * are granted under this license.
   6  *
   7  * Copyright (c) 2001-2003, David Janssens
   8  * Copyright (c) 2002-2003, Yannick Verschueren
   9  * Copyright (c) 2003-2005, Francois Devaux and Antonin Descampe
  10  * Copyright (c) 2005, Herve Drolon, FreeImage Team
  11  * Copyright (c) 2002-2005, Communications and remote sensing Laboratory, Universite catholique de Louvain, Belgium
  12  * Copyright (c) 2006, M�nica D�ez Garc�a, Image Processing Laboratory, University of Valladolid, Spain
  13  * All rights reserved.
  14  *
  15  * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
  16  * modification, are permitted provided that the following conditions
  17  * are met:
  18  * 1. Redistributions of source code must retain the above copyright
  19  *    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
  20  * 2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
  21  *    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
  22  *    documentation and/or other materials provided with the distribution.
  23  *
  24  * THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS `AS IS'
  25  * AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
  26  * IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
  27  * ARE DISCLAIMED.  IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT OWNER OR CONTRIBUTORS BE
  28  * LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR
  29  * CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF
  30  * SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS
  31  * INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN
  32  * CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE)
  33  * ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE
  34  * POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  35  */
  36 #include <stdio.h>
  37 #include <stdlib.h>
  38 #include <string.h>
  39 #include "openjp3d.h"
  40 #ifdef _WIN32
  41 #include "windirent.h"
  42 #else
  43 #include <dirent.h>
  44 #endif /* _WIN32 */
  45
  46
  47
  48 void dump_volume(FILE *fd, opj_volume_t * vol)
  49 {
  50     int compno;
  51     fprintf(fd, "volume {\n");
  52     fprintf(fd, "  x0=%d, y0=%d, z0=%d, x1=%d, y1=%d, z1=%d\n", vol->x0, vol->y0,
  53             vol->z0, vol->x1, vol->y1,  vol->z1);
  54     fprintf(fd, "  numcomps=%d\n", vol->numcomps);
  55     for (compno = 0; compno < vol->numcomps; compno++) {
  56         opj_volume_comp_t *comp = &vol->comps[compno];
  57         fprintf(fd, "  comp %d {\n", compno);
  58         fprintf(fd, "    dx=%d, dy=%d, dz=%d\n", comp->dx, comp->dy, comp->dz);
  59         fprintf(fd, "    prec=%d\n", comp->prec);
  60         fprintf(fd, "    sgnd=%d\n", comp->sgnd);
  61         fprintf(fd, "  }\n");
  62     }
  63     fprintf(fd, "}\n");
  64 }
  65
  66 /*
  67  * Get logarithm of an integer and round downwards.
  68  *
  69  * log2(a)
  70  */
  71 static int int_floorlog2(int a)
  72 {
  73     int l;
  74     for (l = 0; a > 1; l++) {
  75         a >>= 1;
  76     }
  77     return l;
  78 }
  79
  80 /*
  81  * Divide an integer by a power of 2 and round upwards.
  82  *
  83  * a divided by 2^b
  84  */
  85 static int int_ceildivpow2(int a, int b)
  86 {
  87     return (a + (1 << b) - 1) >> b;
  88 }
  89
  90 /*
  91  * Divide an integer and round upwards.
  92  *
  93  * a divided by b
  94  */
  95 static int int_ceildiv(int a, int b)
  96 {
  97     return (a + b - 1) / b;
  98 }
  99
 100
 101 /* -->> -->> -->> -->>
 102
 103 PGX IMAGE FORMAT
 104
 105 <<-- <<-- <<-- <<-- */
 106
 107
 108 unsigned char readuchar(FILE * f)
 109 {
 110     unsigned char c1;
 111     fread(&c1, 1, 1, f);
 112     return c1;
 113 }
 114
 115 unsigned short readushort(FILE * f, int bigendian)
 116 {
 117     unsigned char c1, c2;
 118     fread(&c1, 1, 1, f);
 119     fread(&c2, 1, 1, f);
 120     if (bigendian) {
 121         return (c1 << 8) + c2;
 122     } else {
 123         return (c2 << 8) + c1;
 124     }
 125 }
 126
 127 unsigned int readuint(FILE * f, int bigendian)
 128 {
 129     unsigned char c1, c2, c3, c4;
 130     fread(&c1, 1, 1, f);
 131     fread(&c2, 1, 1, f);
 132     fread(&c3, 1, 1, f);
 133     fread(&c4, 1, 1, f);
 134     if (bigendian) {
 135         return (c1 << 24) + (c2 << 16) + (c3 << 8) + c4;
 136     } else {
 137         return (c4 << 24) + (c3 << 16) + (c2 << 8) + c1;
 138     }
 139 }
 140 /*****************************************/
 141 static unsigned short ShortSwap(unsigned short v)
 142 {
 143     unsigned char c1, c2;
 144     c1 = v & 0xff;
 145     c2 = (v >> 8) & 0xff;
 146     return (c1 << 8) + c2;
 147 }
 148
 149 static unsigned int LongSwap(unsigned int i)
 150 {
 151     unsigned char b1, b2, b3, b4;
 152     b1 = i & 255;
 153     b2 = (i >> 8) & 255;
 154     b3 = (i >> 16) & 255;
 155     b4 = (i >> 24) & 255;
 156     return ((int)b1 << 24) + ((int)b2 << 16) + ((int)b3 << 8) + b4;
 157 }
 158 /*****************************************/
 159
 160 opj_volume_t* pgxtovolume(char *relpath, opj_cparameters_t *parameters)
 161 {
 162
 163     FILE *f = NULL;
 164     int w, h, prec;
 165     unsigned long offset;
 166     int i, s, numcomps, maxvalue, sliceno, slicepos, maxslice = 0;
 167
 168     OPJ_COLOR_SPACE color_space;
 169     opj_volume_cmptparm_t cmptparm; /* maximum of 1 component */
 170     opj_volume_t * volume = NULL;
 171
 172     char endian1, endian2, sign;
 173     char signtmp[32];
 174     char temp[32];
 175     opj_volume_comp_t *comp = NULL;
 176
 177     DIR *dirp;
 178     struct dirent *direntp;
 179
 180     char *tmp = NULL, *tmp2 = NULL,
 181           *point = NULL, *pgx = NULL;
 182     char tmpdirpath[MAX_PATH];
 183     char dirpath[MAX_PATH];
 184     char pattern[MAX_PATH];
 185     char pgxfiles[MAX_SLICES][MAX_PATH];
 186     int pgxslicepos[MAX_SLICES];
 187     char tmpno[3];
 188
 189     numcomps = 1;
 190     color_space = CLRSPC_GRAY;
 191     sliceno = 0;
 192     maxvalue = 0;
 193     memset(pgxfiles, 0, MAX_SLICES * MAX_PATH * sizeof(char));
 194     memset(&cmptparm, 0, sizeof(opj_volume_cmptparm_t));
 195
 196     /* Separaci�n del caso de un �nico slice frente al de muchos */
 197     if ((tmp = strrchr(relpath, '-')) == NULL) {
 198         /*fprintf(stdout,"[INFO] A volume of only one slice....\n");*/
 199         sliceno = 1;
 200         maxslice = 1;
 201         strcpy(pgxfiles[0], relpath);
 202
 203     } else {
 204         /*Fetch only the path */
 205         strcpy(tmpdirpath, relpath);
 206         if ((tmp = strrchr(tmpdirpath, '/')) != NULL) {
 207             tmp++;
 208             *tmp = '\0';
 209             strcpy(dirpath, tmpdirpath);
 210         } else {
 211             strcpy(dirpath, "./");
 212         }
 213
 214         /*Fetch the pattern of the volume slices*/
 215         if ((tmp = strrchr(relpath, '/')) != NULL) {
 216             tmp++;
 217         } else {
 218             tmp = relpath;
 219         }
 220         if ((tmp2 = strrchr(tmp, '-')) != NULL) {
 221             *tmp2 = '\0';
 222         } else {
 223             fprintf(stdout, "[ERROR] tmp2 ha dado null. no ha encontrado el * %s %s", tmp,
 224                     relpath);
 225             return NULL;
 226         }
 227         strcpy(pattern, tmp);
 228
 229         dirp = opendir(dirpath);
 230         if (dirp == NULL) {
 231             fprintf(stdout,
 232                     "[ERROR] Infile must be a .pgx file or a directory that contain pgx files");
 233             return NULL;
 234         }
 235
 236         /*Read all .pgx files of directory */
 237         while ((direntp = readdir(dirp)) != NULL) {
 238             /* Found a directory, but ignore . and .. */
 239             if (strcmp(".", direntp->d_name) == 0 || strcmp("..", direntp->d_name) == 0) {
 240                 continue;
 241             }
 242
 243             if (((pgx = strstr(direntp->d_name, pattern)) != NULL) &&
 244                     ((tmp2 = strstr(direntp->d_name, ".pgx")) != NULL)) {
 245
 246                 strcpy(tmp, dirpath);
 247                 tmp = strcat(tmp, direntp->d_name);
 248
 249                 /*Obtenemos el index de la secuencia de slices*/
 250                 if ((tmp2 = strpbrk(direntp->d_name, "0123456789")) == NULL) {
 251                     continue;
 252                 }
 253                 i = 0;
 254                 while (tmp2 != NULL) {
 255                     tmpno[i++] = *tmp2;
 256                     point = tmp2;
 257                     tmp2 = strpbrk(tmp2 + 1, "0123456789");
 258                 }
 259                 tmpno[i] = '\0';
 260
 261                 /*Comprobamos que no estamos leyendo algo raro como pattern.jp3d*/
 262                 if ((point = strpbrk(point, ".")) == NULL) {
 263                     break;
 264                 }
 265                 /*Slicepos --> index de slice; Sliceno --> no de slices hasta el momento*/
 266                 slicepos = atoi(tmpno);
 267                 pgxslicepos[sliceno] = slicepos - 1;
 268                 sliceno++;
 269                 if (slicepos > maxslice) {
 270                     maxslice = slicepos;
 271                 }
 272
 273                 /*Colocamos el slices en su posicion correspondiente*/
 274                 strcpy(pgxfiles[slicepos - 1], tmp);
 275             }
 276         }
 277
 278     }/* else if pattern*.pgx */
 279
 280     if (!sliceno) {
 281         fprintf(stdout,
 282                 "[ERROR] No slices with this pattern founded !! Please check input volume name\n");
 283         return NULL;
 284     }
 285     /*if ( maxslice != sliceno) {
 286         fprintf(stdout,"[ERROR] Slices are not sequentially numbered !! Please rename them accordingly\n");
 287         return NULL;
 288     }*/
 289
 290     for (s = 0; s < sliceno; s++) {
 291         int pos = maxslice == sliceno ? s : pgxslicepos[s];
 292         f = fopen(pgxfiles[pos], "rb");
 293         if (!f) {
 294             fprintf(stdout, "[ERROR] Failed to open %s for reading !\n", pgxfiles[s]);
 295             return NULL;
 296         }
 297         fprintf(stdout, "[INFO] Loading %s \n", pgxfiles[pos]);
 298
 299         fseek(f, 0, SEEK_SET);
 300         fscanf(f, "PG%[ \t]%c%c%[ \t+-]%d%[ \t]%d%[ \t]%d", temp, &endian1, &endian2,
 301                signtmp, &prec, temp, &w, temp, &h);
 302
 303         i = 0;
 304         sign = '+';
 305         while (signtmp[i] != '\0') {
 306             if (signtmp[i] == '-') {
 307                 sign = '-';
 308             }
 309             i++;
 310         }
 311
 312         fgetc(f);
 313         if (endian1 == 'M' && endian2 == 'L') {
 314             cmptparm.bigendian = 1;
 315         } else if (endian2 == 'M' && endian1 == 'L') {
 316             cmptparm.bigendian = 0;
 317         } else {
 318             fprintf(stdout, "[ERROR] Bad pgx header, please check input file\n");
 319             return NULL;
 320         }
 321
 322         if (s == 0) {
 323             /* initialize volume component */
 324
 325             cmptparm.x0 = parameters->volume_offset_x0;
 326             cmptparm.y0 = parameters->volume_offset_y0;
 327             cmptparm.z0 = parameters->volume_offset_z0;
 328             cmptparm.w = !cmptparm.x0 ? (w - 1) * parameters->subsampling_dx + 1 :
 329                          cmptparm.x0 + (w - 1) * parameters->subsampling_dx + 1;
 330             cmptparm.h = !cmptparm.y0 ? (h - 1) * parameters->subsampling_dy + 1 :
 331                          cmptparm.y0 + (h - 1) * parameters->subsampling_dy + 1;
 332             cmptparm.l = !cmptparm.z0 ? (sliceno - 1) * parameters->subsampling_dz + 1 :
 333                          cmptparm.z0 + (sliceno - 1) * parameters->subsampling_dz + 1;
 334
 335             if (sign == '-') {
 336                 cmptparm.sgnd = 1;
 337             } else {
 338                 cmptparm.sgnd = 0;
 339             }
 340             cmptparm.prec = prec;
 341             cmptparm.bpp = prec;
 342             cmptparm.dcoffset = parameters->dcoffset;
 343             cmptparm.dx = parameters->subsampling_dx;
 344             cmptparm.dy = parameters->subsampling_dy;
 345             cmptparm.dz = parameters->subsampling_dz;
 346
 347             /* create the volume */
 348             volume = opj_volume_create(numcomps, &cmptparm, color_space);
 349             if (!volume) {
 350                 fclose(f);
 351                 return NULL;
 352             }
 353             /* set volume offset and reference grid */
 354             volume->x0 = cmptparm.x0;
 355             volume->y0 = cmptparm.y0;
 356             volume->z0 = cmptparm.z0;
 357             volume->x1 = cmptparm.w;
 358             volume->y1 = cmptparm.h;
 359             volume->z1 = cmptparm.l;
 360
 361             /* set volume data :only one component, that is a volume*/
 362             comp = &volume->comps[0];
 363
 364         }/*if sliceno==1*/
 365
 366         offset = w * h * s;
 367
 368         for (i = 0; i < w * h; i++) {
 369             int v;
 370             if (comp->prec <= 8) {
 371                 if (!comp->sgnd) {
 372                     v = readuchar(f);
 373                 } else {
 374                     v = (char) readuchar(f);
 375                 }
 376             } else if (comp->prec <= 16) {
 377                 if (!comp->sgnd) {
 378                     v = readushort(f, cmptparm.bigendian);
 379                 } else {
 380                     v = (short) readushort(f, cmptparm.bigendian);
 381                 }
 382             } else {
 383                 if (!comp->sgnd) {
 384                     v = readuint(f, cmptparm.bigendian);
 385                 } else {
 386                     v = (int) readuint(f, cmptparm.bigendian);
 387                 }
 388             }
 389             if (v > maxvalue) {
 390                 maxvalue = v;
 391             }
 392             comp->data[i + offset] = v;
 393
 394         }
 395         fclose(f);
 396     } /* for s --> sliceno*/
 397     comp->bpp = int_floorlog2(maxvalue) + 1;
 398     if (sliceno != 1) {
 399         closedir(dirp);
 400     }
 401     /*dump_volume(stdout, volume);*/
 402     return volume;
 403 }
 404
 405
 406 int volumetopgx(opj_volume_t * volume, char *outfile)
 407 {
 408     int w, wr, wrr, h, hr, hrr, l, lr, lrr;
 409     int i, j, compno, offset, sliceno;
 410     FILE *fdest = NULL;
 411
 412     for (compno = 0; compno < volume->numcomps; compno++) {
 413         opj_volume_comp_t *comp = &volume->comps[compno];
 414         char name[256];
 415         int nbytes = 0;
 416         char *tmp = outfile;
 417         while (*tmp) {
 418             tmp++;
 419         }
 420         while (*tmp != '.') {
 421             tmp--;
 422         }
 423         *tmp = '\0';
 424         for (sliceno = 0; sliceno < volume->z1 - volume->z0; sliceno++) {
 425
 426             if (volume->numcomps > 1) {
 427                 sprintf(name, "%s%d-%d.pgx", outfile, sliceno + 1, compno);
 428             } else if ((volume->z1 - volume->z0) > 1) {
 429                 sprintf(name, "%s%d.pgx", outfile, sliceno + 1);
 430             } else {
 431                 sprintf(name, "%s.pgx", outfile);
 432             }
 433
 434             fdest = fopen(name, "wb");
 435             if (!fdest) {
 436                 fprintf(stdout, "[ERROR] Failed to open %s for writing \n", name);
 437                 return 1;
 438             }
 439
 440             fprintf(stdout, "[INFO] Writing in %s (%s)\n", name,
 441                     volume->comps[0].bigendian ? "Bigendian" : "Little-endian");
 442
 443             w = int_ceildiv(volume->x1 - volume->x0, volume->comps[compno].dx);
 444             wr = volume->comps[compno].w;
 445             wrr = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].w, volume->comps[compno].factor[0]);
 446
 447             h = int_ceildiv(volume->y1 - volume->y0, volume->comps[compno].dy);
 448             hr = volume->comps[compno].h;
 449             hrr = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].h, volume->comps[compno].factor[1]);
 450
 451             l = int_ceildiv(volume->z1 - volume->z0, volume->comps[compno].dz);
 452             lr = volume->comps[compno].l;
 453             lrr = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].l, volume->comps[compno].factor[2]);
 454
 455             fprintf(fdest, "PG %c%c %c%d %d %d\n", comp->bigendian ? 'M' : 'L',
 456                     comp->bigendian ? 'L' : 'M', comp->sgnd ? '-' : '+', comp->prec, wr, hr);
 457             if (comp->prec <= 8) {
 458                 nbytes = 1;
 459             } else if (comp->prec <= 16) {
 460                 nbytes = 2;
 461             } else {
 462                 nbytes = 4;
 463             }
 464
 465             offset = (sliceno / lrr * l) + (sliceno % lrr);
 466             offset = wrr * hrr * offset;
 467             /*fprintf(stdout,"%d %d %d %d\n",offset,wrr*hrr,wrr,w);*/
 468             for (i = 0; i < wrr * hrr; i++) {
 469                 int v = volume->comps[0].data[(i / wrr * w) + (i % wrr) + offset];
 470                 if (volume->comps[0].bigendian) {
 471                     for (j = nbytes - 1; j >= 0; j--) {
 472                         char byte = (char)((v >> (j * 8)) & 0xff);
 473                         fwrite(&byte, 1, 1, fdest);
 474                     }
 475                 } else {
 476                     for (j = 0; j <= nbytes - 1; j++) {
 477                         char byte = (char)((v >> (j * 8)) & 0xff);
 478                         fwrite(&byte, 1, 1, fdest);
 479                     }
 480                 }
 481             }
 482
 483             fclose(fdest);
 484         }/*for sliceno*/
 485     }/*for compno*/
 486
 487     return 0;
 488 }
 489
 490 /* -->> -->> -->> -->>
 491
 492 BIN IMAGE FORMAT
 493
 494 <<-- <<-- <<-- <<-- */
 495
 496 opj_volume_t* bintovolume(char *filename, char *fileimg,
 497                           opj_cparameters_t *parameters)
 498 {
 499     int subsampling_dx =  parameters->subsampling_dx;
 500     int subsampling_dy =  parameters->subsampling_dy;
 501     int subsampling_dz =  parameters->subsampling_dz;
 502
 503     int i, compno, w, h, l, numcomps = 1;
 504     int prec, max = 0;
 505
 506     /*  char temp[32];*/
 507     char line[100];
 508     int bigendian;
 509
 510     FILE *f = NULL;
 511     FILE *fimg = NULL;
 512     OPJ_COLOR_SPACE color_space;
 513     opj_volume_cmptparm_t cmptparm; /* maximum of 1 component */
 514     opj_volume_t * volume = NULL;
 515     opj_volume_comp_t *comp = NULL;
 516
 517     bigendian = 0;
 518     color_space = CLRSPC_GRAY;
 519
 520     fimg = fopen(fileimg, "r");
 521     if (!fimg) {
 522         fprintf(stdout, "[ERROR] Failed to open %s for reading !!\n", fileimg);
 523         return 0;
 524     }
 525
 526     fseek(fimg, 0, SEEK_SET);
 527     while (!feof(fimg)) {
 528         fgets(line, 100, fimg);
 529         /*fprintf(stdout,"%s %d \n",line,feof(fimg));*/
 530         if (strncmp(line, "Bpp", 3) == 0) {
 531             sscanf(line, "%*s%*[ \t]%d", &prec);
 532         } else if (strncmp(line, "Color", 5) == 0) {
 533             sscanf(line, "%*s%*[ \t]%d", &color_space);
 534         } else if (strncmp(line, "Dim", 3) == 0) {
 535             sscanf(line, "%*s%*[ \t]%d%*[ \t]%d%*[ \t]%d", &w, &h, &l);
 536         }
 537     }
 538     /*fscanf(fimg, "Bpp%[ \t]%d%[ \t\n]",temp,&prec,temp);*/
 539     /*fscanf(fimg, "Color Map%[ \t]%d%[ \n\t]Dimensions%[ \t]%d%[ \t]%d%[ \t]%d%[ \n\t]",temp,&color_space,temp,temp,&w,temp,&h,temp,&l,temp);*/
 540     /*fscanf(fimg, "Resolution(mm)%[ \t]%d%[ \t]%d%[ \t]%d%[ \n\t]",temp,&subsampling_dx,temp,&subsampling_dy,temp,&subsampling_dz,temp);*/
 541
 542 #ifdef VERBOSE
 543     fprintf(stdout, "[INFO] %d \t %d %d %d \t %3.2f %2.2f %2.2f \t %d \n",
 544             color_space, w, h, l, subsampling_dx, subsampling_dy, subsampling_dz, prec);
 545 #endif
 546     fclose(fimg);
 547
 548     /* initialize volume components */
 549     memset(&cmptparm, 0, sizeof(opj_volume_cmptparm_t));
 550
 551     cmptparm.prec = prec;
 552     cmptparm.bpp = prec;
 553     cmptparm.sgnd = 0;
 554     cmptparm.bigendian = bigendian;
 555     cmptparm.dcoffset = parameters->dcoffset;
 556     cmptparm.dx = subsampling_dx;
 557     cmptparm.dy = subsampling_dy;
 558     cmptparm.dz = subsampling_dz;
 559     cmptparm.w = w;
 560     cmptparm.h = h;
 561     cmptparm.l = l;
 562
 563     /* create the volume */
 564     volume = opj_volume_create(numcomps, &cmptparm, color_space);
 565     if (!volume) {
 566         fprintf(stdout, "[ERROR] Unable to create volume");
 567         fclose(f);
 568         return NULL;
 569     }
 570
 571     /* set volume offset and reference grid */
 572     volume->x0 = parameters->volume_offset_x0;
 573     volume->y0 = parameters->volume_offset_y0;
 574     volume->z0 = parameters->volume_offset_z0;
 575     volume->x1 = parameters->volume_offset_x0 + (w - 1) *   subsampling_dx + 1;
 576     volume->y1 = parameters->volume_offset_y0 + (h - 1) *   subsampling_dy + 1;
 577     volume->z1 = parameters->volume_offset_z0 + (l - 1) *   subsampling_dz + 1;
 578
 579     /* set volume data */
 580     f = fopen(filename, "rb");
 581     if (!f) {
 582         fprintf(stdout, "[ERROR] Failed to open %s for reading !!\n", filename);
 583         return 0;
 584     }
 585
 586     /* BINARY */
 587     for (compno = 0; compno < volume->numcomps; compno++) {
 588         int whl = w * h * l;
 589         /* set volume data */
 590         comp = &volume->comps[compno];
 591
 592         /*if (comp->prec <= 8) {
 593             if (!comp->sgnd) {
 594                 unsigned char *data = (unsigned char *) malloc(whl * sizeof(unsigned char));
 595                 fread(data, 1, whl, f);
 596                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 597                     comp->data[i] = data[i];
 598                     if (comp->data[i] > max)
 599                         max = comp->data[i];
 600                 }
 601                 free(data);
 602             } else {
 603                 char *data = (char *) malloc(whl);
 604                 fread(data, 1, whl, f);
 605                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 606                     comp->data[i] = data[i];
 607                     if (comp->data[i] > max)
 608                         max = comp->data[i];
 609                 }
 610                 free(data);
 611             }
 612         } else if (comp->prec <= 16) {
 613             if (!comp->sgnd) {
 614                 unsigned short *data = (unsigned short *) malloc(whl * sizeof(unsigned short));
 615                 int leido = fread(data, 2, whl, f);
 616                 if (!leido) {
 617                     free(data); fclose(f);
 618                     return NULL;
 619                 }
 620
 621                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 622                     if (bigendian)  //(c1 << 8) + c2;
 623                         comp->data[i] = data[i];
 624                     else{           //(c2 << 8) + c1;
 625                         comp->data[i] = ShortSwap(data[i]);
 626                     }
 627                     if (comp->data[i] > max)
 628                         max = comp->data[i];
 629                 }
 630                 free(data);
 631             } else {
 632                 short *data = (short *) malloc(whl);
 633                 int leido = fread(data, 2, whl, f);
 634                 if (!leido) {
 635                     free(data); fclose(f);
 636                     return NULL;
 637                 }
 638                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 639                     if (bigendian){ //(c1 << 8) + c2;
 640                         comp->data[i] = data[i];
 641                     }else{          //(c2 << 8) + c1;
 642                         comp->data[i] = (short) ShortSwap((unsigned short) data[i]);
 643                     }
 644                     if (comp->data[i] > max)
 645                         max = comp->data[i];
 646                 }
 647                 free(data);
 648             }
 649         } else {
 650             if (!comp->sgnd) {
 651                 unsigned int *data = (unsigned int *) malloc(whl * sizeof(unsigned int));
 652                 int leido = fread(data, 4, whl, f);
 653                 if (!leido) {
 654                     free(data); fclose(f);
 655                     return NULL;
 656                 }               for (i = 0; i < whl; i++) {
 657                     if (!bigendian)
 658                         comp->data[i] = LongSwap(data[i]);
 659                     else
 660                         comp->data[i] = data[i];
 661                     if (comp->data[i] > max)
 662                         max = comp->data[i];
 663                 }
 664                 free(data);
 665             } else {
 666                 int leido = fread(comp->data, 4, whl, f);
 667                 if (!leido) {
 668                     fclose(f);
 669                     return NULL;
 670                 }
 671                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 672                     if (!bigendian)
 673                         comp->data[i] = (int) LongSwap((unsigned int) comp->data[i]);
 674                     if (comp->data[i] > max)
 675                         max = comp->data[i];
 676                 }
 677             }
 678         }*/
 679
 680         for (i = 0; i < whl; i++) {
 681             int v;
 682             if (comp->prec <= 8) {
 683                 if (!comp->sgnd) {
 684                     v = readuchar(f);
 685                 } else {
 686                     v = (char) readuchar(f);
 687                 }
 688             } else if (comp->prec <= 16) {
 689                 if (!comp->sgnd) {
 690                     v = readushort(f, bigendian);
 691                 } else {
 692                     v = (short) readushort(f, bigendian);
 693                 }
 694             } else {
 695                 if (!comp->sgnd) {
 696                     v = readuint(f, bigendian);
 697                 } else {
 698                     v = (int) readuint(f, bigendian);
 699                 }
 700             }
 701             if (v > max) {
 702                 max = v;
 703             }
 704             comp->data[i] = v;
 705         }
 706         comp->bpp = int_floorlog2(max) + 1;
 707     }
 708     fclose(f);
 709     return volume;
 710 }
 711
 712 int volumetobin(opj_volume_t * volume, char *outfile)
 713 {
 714     int w, wr, wrr, h, hr, hrr, l, lr, lrr, max;
 715     int i, j, compno, nbytes;
 716     int offset, sliceno;
 717     FILE *fdest = NULL;
 718     FILE *fimgdest = NULL;
 719     /*  char *imgtemp;*/
 720     char name[256];
 721
 722     for (compno = 0; compno < 1; compno++) { /*Only one component*/
 723
 724         fdest = fopen(outfile, "wb");
 725         if (!fdest) {
 726             fprintf(stdout, "[ERROR] Failed to open %s for writing\n", outfile);
 727             return 1;
 728         }
 729         fprintf(stdout, "[INFO] Writing outfile %s (%s) \n", outfile,
 730                 volume->comps[0].bigendian ? "Bigendian" : "Little-endian");
 731
 732         w = int_ceildiv(volume->x1 - volume->x0, volume->comps[compno].dx);
 733         wr = volume->comps[compno].w;
 734         wrr = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].w, volume->comps[compno].factor[0]);
 735
 736         h = int_ceildiv(volume->y1 - volume->y0, volume->comps[compno].dy);
 737         hr = volume->comps[compno].h;
 738         hrr = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].h, volume->comps[compno].factor[1]);
 739
 740         l = int_ceildiv(volume->z1 - volume->z0, volume->comps[compno].dz);
 741         lr = volume->comps[compno].l;
 742         lrr = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].l, volume->comps[compno].factor[2]);
 743
 744         max = (volume->comps[compno].prec <= 8) ? 255 : (1 <<
 745                 volume->comps[compno].prec) - 1;
 746
 747         volume->comps[compno].x0 = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].x0 -
 748                                    int_ceildiv(volume->x0, volume->comps[compno].dx),
 749                                    volume->comps[compno].factor[0]);
 750         volume->comps[compno].y0 = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].y0 -
 751                                    int_ceildiv(volume->y0, volume->comps[compno].dy),
 752                                    volume->comps[compno].factor[1]);
 753         volume->comps[compno].z0 = int_ceildivpow2(volume->comps[compno].z0 -
 754                                    int_ceildiv(volume->z0, volume->comps[compno].dz),
 755                                    volume->comps[compno].factor[2]);
 756
 757         if (volume->comps[0].prec <= 8) {
 758             nbytes = 1;
 759         } else if (volume->comps[0].prec <= 16) {
 760             nbytes = 2;
 761         } else {
 762             nbytes = 4;
 763         }
 764
 765         /*fprintf(stdout,"w %d wr %d wrr %d h %d hr %d hrr %d l %d lr %d lrr %d max %d nbytes %d\n Factor %d %d %d",w,wr,wrr,h,hr,hrr,l,lr,lrr,max,nbytes,volume->comps[compno].factor[0],volume->comps[compno].factor[1],volume->comps[compno].factor[2]);*/
 766
 767         for (sliceno = 0; sliceno < lrr; sliceno++) {
 768             offset = (sliceno / lrr * l) + (sliceno % lrr);
 769             offset = wrr * hrr * offset;
 770             for (i = 0; i < wrr * hrr; i++) {
 771                 int v = volume->comps[0].data[(i / wrr * w) + (i % wrr) + offset];
 772                 if (volume->comps[0].bigendian) {
 773                     for (j = nbytes - 1; j >= 0; j--) {
 774                         char byte = (char)((v >> (j * 8)) & 0xff);
 775                         fwrite(&byte, 1, 1, fdest);
 776                     }
 777                 } else {
 778                     for (j = 0; j <= nbytes - 1; j++) {
 779                         char byte = (char)((v >> (j * 8)) & 0xff);
 780                         fwrite(&byte, 1, 1, fdest);
 781                     }
 782                 }
 783             }
 784         }
 785
 786     }
 787
 788     fclose(fdest);
 789
 790     sprintf(name, "%s.img", outfile);
 791     fimgdest = fopen(name, "w");
 792     if (!fimgdest) {
 793         fprintf(stdout, "[ERROR] Failed to open %s for writing\n", name);
 794         return 1;
 795     }
 796     fprintf(fimgdest,
 797             "Bpp\t%d\nColor Map\t2\nDimensions\t%d\t%d\t%d\nResolution(mm)\t%d\t%d\t%d\t\n",
 798             volume->comps[0].prec, wrr, hrr, lrr, volume->comps[0].dx, volume->comps[0].dy,
 799             volume->comps[0].dz);
 800
 801     fclose(fimgdest);
 802     return 0;
 803 }
 804 /* -->> -->> -->> -->>
 805
 806 IMG IMAGE FORMAT
 807
 808 <<-- <<-- <<-- <<-- */
 809 opj_volume_t* imgtovolume(char *fileimg, opj_cparameters_t *parameters)
 810 {
 811     int subsampling_dx =  parameters->subsampling_dx;
 812     int subsampling_dy =  parameters->subsampling_dy;
 813     int subsampling_dz =  parameters->subsampling_dz;
 814
 815     int i, compno, w, h, l, numcomps = 1;
 816     int prec, max = 0, min = 0;
 817     float dx, dy, dz;
 818     char filename[100], tmpdirpath[100], dirpath[100], *tmp;
 819     char line[100], datatype[100];
 820     int bigendian;
 821
 822     FILE *f = NULL;
 823     FILE *fimg = NULL;
 824     OPJ_COLOR_SPACE color_space;
 825     opj_volume_cmptparm_t cmptparm; /* maximum of 1 component */
 826     opj_volume_t * volume = NULL;
 827     opj_volume_comp_t *comp = NULL;
 828
 829     bigendian = 0;
 830     color_space = CLRSPC_GRAY;
 831
 832     fimg = fopen(fileimg, "r");
 833     if (!fimg) {
 834         fprintf(stderr, "[ERROR] Failed to open %s for reading !!\n", fileimg);
 835         return 0;
 836     }
 837
 838     /*Fetch only the path */
 839     strcpy(tmpdirpath, fileimg);
 840     if ((tmp = strrchr(tmpdirpath, '/')) != NULL) {
 841         tmp++;
 842         *tmp = '\0';
 843         strcpy(dirpath, tmpdirpath);
 844     } else {
 845         strcpy(dirpath, "./");
 846     }
 847
 848     fseek(fimg, 0, SEEK_SET);
 849     while (!feof(fimg)) {
 850         fgets(line, 100, fimg);
 851         /*fprintf(stdout,"%s %d \n",line,feof(fimg));*/
 852         if (strncmp(line, "Image", 5) == 0) {
 853             sscanf(line, "%*s%*[ \t]%s", datatype);
 854         } else if (strncmp(line, "File", 4) == 0) {
 855             sscanf(line, "%*s %*s%*[ \t]%s", filename);
 856             strcat(dirpath, filename);
 857             strcpy(filename, dirpath);
 858         } else if (strncmp(line, "Min", 3) == 0) {
 859             sscanf(line, "%*s %*s%*[ \t]%d%*[ \t]%d", &min, &max);
 860             prec = int_floorlog2(max - min + 1);
 861         } else if (strncmp(line, "Bpp", 3) == 0) {
 862             sscanf(line, "%*s%*[ \t]%d", &prec);
 863         } else if (strncmp(line, "Color", 5) == 0) {
 864             sscanf(line, "%*s %*s%*[ \t]%d", &color_space);
 865         } else if (strncmp(line, "Dim", 3) == 0) {
 866             sscanf(line, "%*s%*[ \t]%d%*[ \t]%d%*[ \t]%d", &w, &h, &l);
 867         } else if (strncmp(line, "Res", 3) == 0) {
 868             sscanf(line, "%*s%*[ \t]%f%*[ \t]%f%*[ \t]%f", &dx, &dy, &dz);
 869         }
 870
 871     }
 872 #ifdef VERBOSE
 873     fprintf(stdout, "[INFO] %s %d \t %d %d %d \t %f %f %f \t %d %d %d \n", filename,
 874             color_space, w, h, l, dx, dy, dz, max, min, prec);
 875 #endif
 876     fclose(fimg);
 877
 878     /* error control */
 879     if (!prec || !w || !h || !l) {
 880         fprintf(stderr,
 881                 "[ERROR] Unable to read IMG file correctly. Found some null values.");
 882         return NULL;
 883     }
 884
 885     /* initialize volume components */
 886     memset(&cmptparm, 0, sizeof(opj_volume_cmptparm_t));
 887
 888     cmptparm.prec = prec;
 889     cmptparm.bpp = prec;
 890     cmptparm.sgnd = 0;
 891     cmptparm.bigendian = bigendian;
 892     cmptparm.dcoffset = parameters->dcoffset;
 893     cmptparm.dx = subsampling_dx;
 894     cmptparm.dy = subsampling_dy;
 895     cmptparm.dz = subsampling_dz;
 896     cmptparm.w = w;
 897     cmptparm.h = h;
 898     cmptparm.l = l;
 899
 900     /* create the volume */
 901     volume = opj_volume_create(numcomps, &cmptparm, color_space);
 902     if (!volume) {
 903         fprintf(stdout, "[ERROR] Unable to create volume");
 904         return NULL;
 905     }
 906
 907     /* set volume offset and reference grid */
 908     volume->x0 = parameters->volume_offset_x0;
 909     volume->y0 = parameters->volume_offset_y0;
 910     volume->z0 = parameters->volume_offset_z0;
 911     volume->x1 = parameters->volume_offset_x0 + (w - 1) *   subsampling_dx + 1;
 912     volume->y1 = parameters->volume_offset_y0 + (h - 1) *   subsampling_dy + 1;
 913     volume->z1 = parameters->volume_offset_z0 + (l - 1) *   subsampling_dz + 1;
 914
 915     max = 0;
 916     /* set volume data */
 917     f = fopen(filename, "rb");
 918     if (!f) {
 919         fprintf(stderr, "[ERROR] Failed to open %s for reading !!\n", filename);
 920         fclose(f);
 921         return 0;
 922     }
 923
 924     /* BINARY */
 925     for (compno = 0; compno < volume->numcomps; compno++) {
 926         int whl = w * h * l;
 927         /* set volume data */
 928         comp = &volume->comps[compno];
 929
 930         /*if (comp->prec <= 8) {
 931             if (!comp->sgnd) {
 932                 unsigned char *data = (unsigned char *) malloc(whl * sizeof(unsigned char));
 933                 fread(data, 1, whl, f);
 934                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 935                     comp->data[i] = data[i];
 936                     if (comp->data[i] > max)
 937                         max = comp->data[i];
 938                 }
 939                 free(data);
 940             } else {
 941                 char *data = (char *) malloc(whl);
 942                 fread(data, 1, whl, f);
 943                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 944                     comp->data[i] = data[i];
 945                     if (comp->data[i] > max)
 946                         max = comp->data[i];
 947                 }
 948                 free(data);
 949             }
 950         } else if (comp->prec <= 16) {
 951             if (!comp->sgnd) {
 952                 unsigned short *data = (unsigned short *) malloc(whl * sizeof(unsigned short));
 953                 int leido = fread(data, 2, whl, f);
 954                 if (!leido) {
 955                     free(data); fclose(f);
 956                     return NULL;
 957                 }
 958
 959                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 960                     if (bigendian)  //(c1 << 8) + c2;
 961                         comp->data[i] = data[i];
 962                     else{           //(c2 << 8) + c1;
 963                         comp->data[i] = ShortSwap(data[i]);
 964                     }
 965                     if (comp->data[i] > max)
 966                         max = comp->data[i];
 967                 }
 968                 free(data);
 969             } else {
 970                 short *data = (short *) malloc(whl);
 971                 int leido = fread(data, 2, whl, f);
 972                 if (!leido) {
 973                     free(data); fclose(f);
 974                     return NULL;
 975                 }
 976                 for (i = 0; i < whl; i++) {
 977                     if (bigendian){ //(c1 << 8) + c2;
 978                         comp->data[i] = data[i];
 979                     }else{          //(c2 << 8) + c1;
 980                         comp->data[i] = (short) ShortSwap((unsigned short) data[i]);
 981                     }
 982                     if (comp->data[i] > max)
 983                         max = comp->data[i];
 984                 }
 985                 free(data);
 986             }
 987         } else {
 988             if (!comp->sgnd) {
 989                 unsigned int *data = (unsigned int *) malloc(whl * sizeof(unsigned int));
 990                 int leido = fread(data, 4, whl, f);
 991                 if (!leido) {
 992                     free(data); fclose(f);
 993                     return NULL;
 994                 }               for (i = 0; i < whl; i++) {
 995                     if (!bigendian)
 996                         comp->data[i] = LongSwap(data[i]);
 997                     else
 998                         comp->data[i] = data[i];
 999                     if (comp->data[i] > max)
1000                         max = comp->data[i];
1001                 }
1002                 free(data);
1003             } else {
1004                 int leido = fread(comp->data, 4, whl, f);
1005                 if (!leido) {
1006                     fclose(f);
1007                     return NULL;
1008                 }
1009                 for (i = 0; i < whl; i++) {
1010                     if (!bigendian)
1011                         comp->data[i] = (int) LongSwap((unsigned int) comp->data[i]);
1012                     if (comp->data[i] > max)
1013                         max = comp->data[i];
1014                 }
1015             }
1016         }*/
1017
1018         for (i = 0; i < whl; i++) {
1019             int v;
1020             if (comp->prec <= 8) {
1021                 if (!comp->sgnd) {
1022                     v = readuchar(f);
1023                 } else {
1024                     v = (char) readuchar(f);
1025                 }
1026             } else if (comp->prec <= 16) {
1027                 if (!comp->sgnd) {
1028                     v = readushort(f, bigendian);
1029                 } else {
1030                     v = (short) readushort(f, bigendian);
1031                 }
1032             } else {
1033                 if (!comp->sgnd) {
1034                     v = readuint(f, bigendian);
1035                 } else {
1036                     v = (int) readuint(f, bigendian);
1037                 }
1038             }
1039             if (v > max) {
1040                 max = v;
1041             }
1042             comp->data[i] = v;
1043         }
1044         comp->bpp = int_floorlog2(max) + 1;
1045     }
1046     fclose(f);
1047     return volume;
1048 }
1049