Merge branch 'master' of https://github.com/uclouvain/openjpeg into tier1_optimizations_multithreading_2

Conflicts:
src/lib/openjp2/t1.c

opj_thread_pool: fix potential deadlock at thread pool destruction

Cast to size_t before multiplication

Need to cast to size_t before multiplication otherwise overflow check is useless.

Add sanity check for tile coordinates (#823)

Coordinates are casted from OPJ_UINT32 to OPJ_INT32
Add sanity check for negative values and upper bound becoming lower
than lower bound.
See also
https://pdfium.googlesource.com/pdfium/+/b6befb2ed2485a3805cddea86dc7574510178ea9

Add test for PR 818 (#822)

update uclouvain/openjpeg#818

Update to libpng 1.6.25 (#821)

fix incrementing of "l_tcp->m_nb_mcc_records" in opj_j2k_read_mcc (#820)

Fix an integer overflow issue (#809)

Prevent an integer overflow issue in function opj_pi_create_decode of
pi.c.

Add overflow check in opj_tcd_init_tile (#819)

Fix leak & invalid behavior of opj_jp2_read_ihdr (#818)

In case multiple ihdr box are present, only the first one shall be
taken into account.

Add overflow check in opj_j2k_update_image_data (#817)

Change 'restrict' define to 'OPJ_RESTRICT' (#816)

Visual Studio 2015 does not pass regression tests with `__restrict` so kept disabled for MSVC.
Need to check proper usage of OPJ_RESTRICT (if correct then there’s
probably a bug  in vc14)

Closes #661

Add .gitignore (#787)

Ignore all files and directories which are generated by `cmake . && make`.

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Switch to clang 3.8 (#814)

clang 3.9 is currently unavailable for precise through apt

[Win32] Use _beginthreadex instead of CreateThread()

Update to lcms 2.8 (#808)

Update to libpng 1.6.24 (#807)

Reenable clang-3.9 build on travis (#806)

clang-3.9 is now available with apt add-on in travis-ci

Add compilation test for standalone inclusion of openjpeg.h (#798)

This ensures all openjpeg.h dependencies are met.
Fix #673

jpwl: Remove non-portable data type u_int16_t (fix issue #796) (#797)

The type casts which used this data type can be removed by changing
the signature of function swap16. As this function is called with
unsigned variables, this change is reasonable.

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Fix dependency for pkg-config (issue #594) (#795)

openjpeg provides libopenjp2.pc, so the require statements must refer to
libopenjp2 instead of openjp2.
Fixes #594

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Update ABI tracker script

Disable previous version.

Update ABI tracker from 2.1 to 2.1.1

update api/abi tracker

Add version 2.1.1 to ABI tracker

Trigger API/ABI update on website

Update INSTALL.md

Update AUTHORS.md

Update AUTHORS file

Update INSTALL, README and THANKS file

Upload changelog and convert some files to mardown

Remove useless diff command in abi-check.sh

Correct abi-check.sh for PR (#791)

Update tcd.c (#790)

cppcheck unitialized variable

Remove clang-3.9 build

c.f. travis-ci/travis-ci#6120

Automatic upload of ABI report (end)

Automatic upload of ABI report (ctd)

Automatic upload of ABI report (ctd)

setup automatic upload of ABI reports

Be robust to failed allocations of job structures

opj_decompress: use clock_gettime() instead of getrusage() so as to get the time spent, and not to the total CPU time

opj_decompress: add a -threads <num_threads> option

.travis.yml: add a conf with OPJ_NUM_THREADS=2

Use thread pool for DWT decoding

Use thread-pool for T1 decoding

Add opj_codec_set_threads() in public API and propagate resulting thread pool to tcd level

By default, only the main thread is used. If opj_codec_set_threads() is not used,
but the OPJ_NUM_THREADS environment variable is set, its value will be
used to initialize the number of threads. The value can be either an integer
number, or "ALL_CPUS". If OPJ_NUM_THREADS is set and this function is called,
this function will override the behaviour of the environment variable.

Add threading and thread pool API

Fix MSVC210 build issue (use of C99 declaration after statement) introduced in ba1edf6cd41415594729bc90ad3b0008af48251e

Improve perf of opj_t1_dec_sigpass_mqc_vsc() and opj_t1_dec_refpass_mqc_vsc() with loop unrolling

Better inlining of opj_t1_updateflagscolflags() w.r.t. flags_stride

opj_t1_dec_clnpass(): remove useless test in the runlen decoding path (of the non VSC case)

opj_t1_decode_cblks(): tiny perf increase when loop unrolling

Tier 1 decoding: add a colflags array

Addition flag array such that colflags[1+0] is for state of col=0,row=0..3,
colflags[1+1] for col=1, row=0..3, colflags[1+flags_stride] for col=0,row=4..7, ...
This array avoids too much cache trashing when processing by 4 vertical samples
as done in the various decoding steps.

Const'ify lut arrays so they are in the read-only data section

Reduce number of occurrences of orient function argument

This is essentially used to shift inside the lut_ctxno_zc, which we
can precompute at the beginning of opj_t1_decode_cblk() /
opj_t1_encode_cblk()

Specialize decoding passes for 64x64 code blocks

Improve code generation in opj_t1_dec_clnpass()

Add a opj_t1_dec_clnpass_step_only_if_flag_not_sig_visit() method that
does the job of opj_t1_dec_clnpass_step_only() assuming the conditions
are met. And use it in opj_t1_dec_clnpass(). The compiler generates
more efficient code.

opj_t1_updateflags(): tiny optimization

We can avoid using a loop-up table with some shift arithmetics.

Move some MQC functions into a header for speed

Allow these hot functions to be inlined. This boosts decode performance by ~10%.

WIP automatic release

WIP: debug travis run script

Update travis and appveyor to enable automatic releases on tag commit

Update version number in CMakeLists.txt

Update NEWS

Update implementation of opj_calloc (#705)

Add missing source for the JPIP library and executables (issue #658) (#659)

They all need opj_malloc and other functions from opc_malloc.c.

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Correct expected result for test of issue 495

Fix Out-of-Bounds Access in function opj_tgt_reset

Fix uclouvain/openjpeg#775

Fix Heap Buffer Overflow in function color_cmyk_to_rgb

Fix uclouvain/openjpeg#774

Fix division by zero

Fix uclouvain/openjpeg#733

Update lcms2 (#773)

Update to mm2/Little-CMS@e342f44

Merge pull request #769 from julienmalik/cmake_lowercase

Use lowercase for cmake commands consistenly

Use lowercase for cmake commands consistenly

Inspired from https://github.com/InsightSoftwareConsortium/ITK/blob/master/Utilities/Maintenance/HowToCreateTheCMakeCaseConversion.txt
This needs vim 7.3 and fails with vim 7.4

This also fixes a number of :
- missing empty line at end of files
- useless space at end of lines

Merge pull request #767 from julienmalik/fix_memset_null_pointer

Fix UBSan gcc warning for first arg to memset non null

Merge pull request #768 from julienmalik/filter_clang_warnings

Ignore clang's summary warning

Ignore clang's summary warning

This assumes prior text has matched some other warning expression.

This reduces the warnings reported for clang build on the dashboard,
which were caused only by the "XXX warnings generated." message.
For some reason they were not reported when not using ctest launchers.

This commit allows to confidently use ctest launchers to improve
dashboard reports.

Fix UBSan gcc warning for first arg to memset non null

Update to libtiff-4.0.6 (#764)

Add tests for recent issues

Update uclouvain/openjpeg#725
Update uclouvain/openjpeg#726

Update lcms (#544)

Update to mm2/Little-CMS@0e8234e090d6aab33f90e2eb0296f30aa0705e57

Merge pull request #706 from mayeut/issue135

Fix issue 135
The fix is legal regarding the standard but I did not manage to find out if it covers a bug in opj_t2_read_packet_data or if the file is corrupted

Fix some coverity warnings

Fix bad call to fclose with NULL pointer

Fix warnings (#763)

Fix Out-Of-Bounds Read in sycc42x_to_rgb function (#745)

42x Images with an odd x0/y0 lead to subsampled component starting at the
2nd column/line.
That is offset = comp->dx * comp->x0 - image->x0 = 1

Fix #726

Fix heap-buffer-overflow in color_esycc_to_rgb (#748)

When all components do not have the same dx/dy, components buffer are
read beyond their end.
Do not convert in this case.

Update uclouvain/openjpeg#725

cppcheck fix for openjp2 (#740)

Check SSIZ is valid in opj_j2k_read_siz (#762)

Fix unsigned int overflow reported by UBSan (#761)

* Fix unsigned int overflow reported by UBSan

Please add -DOPJ_UBSAN_BUILD to CFLAGS when building with
-fsanitize=undefined,unsigned-integer-overflow

It seems clang/gcc do not allow to disable checking for block of code
other than function or file.

Fix implicit float-to-bool conversions (#752)

Fix unsigned int overflow reported by UBSan (#759)

Fix issue 135

dwt_interleave_h.gsr105.jp2 now has the same output as kakadu
issue399 is corrupted. Only the corrupted part changes.

Update known failures for x86 MD5

NR-DEC-kodak_2layers_lrcp.j2c-31-decode-md5
NR-DEC-kodak_2layers_lrcp.j2c-32-decode-md5
NR-DEC-issue135.j2k-68-decode-md5

Add clang 3.9 build to Travis matrix (#753)

Fix negative shift left reported by UBSan (#758)

Follow-up of #757

This shall have no performance impact on 2’s complement machine where
the compiler replaces the multiplication by power of two (constant) by
a left shift.
Verified at least on MacOS Xcode 7.3, same assembly generated after fix.

Remove whitespace and CR at line endings (#678)

Signed-off-by: Stefan Weil <sw@weilnetz.de>

Fix negative shift left reported by UBSan (#757)

This shall have no performance impact on 2’s complement machine where
the compiler replaces the multiplication by power of two (constant) by
a left shift.
Verified at least on MacOS Xcode 7.3, same assembly generated after fix.

Do not define __attribute__ in opj_includes.h (#751)

Fix #727

Merge pull request #750 from mayeut/issue-729-2

Allow to read/write 3/5/7/9/11/13/15 bpp TIF files

Allow to write 3/5/7/9/11/13/15 bpp TIF files

Update uclouvain/openjpeg#729

Allow to read 3/5/7/9/11/13/15 bpp TIF files